Շատ վաղ հասակից մեծ հետաքրքրություն ունենալով դեպի մաթեմատիկան` Ջոնը՝ դեռևս պատանի, սկսեց այն ուսումնասիրել ինքնուրույն ու սովորել համալսարանական դասագրքերով, որոնք կիրառվում էին ոչ հեռվում գտնվող Կալիֆորնիայի տեխնոլոգիական ինստիտուտում։ Արդյունքում՝ համալսարան ընդունվելով` մաթեմատիկայից ունեցած բավարար գիտելիքները հնարավորություն տվեցին նրան չհաճախել մաթեմատիկայի դասերին առաջին երկու տարիների ընթացքում։
1948-ին Մաքքարթին ստանում է բակալավր մաթեմատիկոսի աստիճան Կալիֆորնիայի տեխնոլոգիական ինստիտուտում, 1951-ին Փրինսթոնում արժանանում է ասպիրանտ մաթեմատիկոսի կոչման։ Փրինսթոնի և Սթենֆորդի համալսարաններում, Դարտմութի քոլեջում և Մասաչուսեթսի տեխնոլոգիական ինստիտուտում աշխատելու ընթացքում, տարբեր կարճաժամկետ գործունեությունից հետո, շարունակելով աշխատանքը Ստանֆորդում 1962 թվականին՝ նա արժանանում է պրոֆեսորի կոչման, որտեղ և մնում է մինչև կենսաթոշակի անցնելը՝ 2000-ի վերջը։
Ջոն Մաքքարթին պնդել է, որ արհեստական ինտելեկտի համար մաթեմատիկական տրամաբանության օգտագործումն անհրաժեշտություն է։ 1958-ին նա առաջարկել է «խորհուրդների ընդունում» համակարգը, ինչը հետագայում ոգեշնչել է տրամաբանական ծրագրավորման հարցումներին պատասխանելու աշխատանքներին։ Հենց այդ տարի Մաքքարթին զարգացրեց Լիպս ծրագրավորման լեզուն և այն հրապարակեց ACM-ի հաղորդակցություններպարբերականում՝ 1960 թվականի ապրիլին։
1961 թվականին Ջոն Մաքքարթին հրապարակավ առաջարկեց, որ համակարգչային տեխնոլոգիան որոշ ժամանակ հետո կարող է տանել այնպիսի ապագայի, որի ընթացքում հաշվողական ռեսուրսները և նույնիսկ որոշակի ընտրված ծրագրեր կարող են տարածվել և կիրառվել կոմունալ ծառայությունների բիզնես-մոդելների շրջանակներում (ինչպես՝ ջուրը և էլեկտրականությունը)։ Այս գաղափարը շատ հանրահայտ էր 1960-ականների վերջին, բայց դուրս եկավ շրջանառությունից 1970-ականների կեսերին, քանի որ պարզ դարձավ, որ այդ ժամանակահատվածի տեխնիկան, ծրագրային ապահովվածությունը և հաղորդակցության տեխնոլոգիաները պարզապես պատրաստ չէին դրան։ Այնուամենայնիվ, 2000 թվականներից սկսած՝ այդ գաղափարը վերածնվեց նոր ձևերով, մասնավորապես այնպես՝ ինչպես ամպային հաշվարկի գաղափարն էր։
Ակադեմիական կարիերա
Սթենֆորդի համալսարանում կարճաժամկետ գործունեությունից հետո Մաքքարթին 1955 թվականին դառնում է Դարտմուդ քոլեջի ասիստենտ։
Մեկ տարի անց՝ 1956 թվականի աշնանը, նա տեղափոխվում է MIT՝ որպես գիտաշխատող։
1962 թվականին Մաքքարթին ստանում է լիարժեք պրոֆեսորի կոչում Սթենֆորդում, որտեղ մնում է մինչև 2000 թվականը՝ իր թոշակի անցնելը։ MIT(ՄԻՏ)-ում իր աշխատանքային առաջին իսկ օրվանից նա իր ուսանողներիի կողմից ջերմորեն կոչվում է «Քեռի Ջոն»։
Մաքքարտին ամուսնացած է եղել երեք անգամ։ Նրա երկրորդ կինը Վերա Ուաթսոնն էր, ծրագրավորող և լեռնագնաց, նա մահացել է 1978 թվականին՝ փորձելով ստեղծել Անապուրնա I կենտրոնը՝ որպես համընդհանուր կանանց արշավախմբի մաս։ Հետագայում Ջոնը ամուսնացել է Քերոլին Թալկոտի հետ, նա համակարգչային գիտնական էր Սթենֆորդում, իսկ հետագայում՝ միջազգային SRI-ում։