Első parancsnoka Friedrich Crüsemann másodkapitány (Kapitänleutnant) volt, aki 1917. június 22-éig irányította a tengeralattjárót. Június 23-án Alfred Götze másodkapitány vette át a búvárhajó irányítását, őt Helmut Patzig főhadnagy (Oberleutnant) váltotta 1918. január 26-án, aki a hajó utolsó parancsnoka lett.
A háború alatt az U–86 a 4. Tengeralattjáró Flottillához tartozott. Tizenkét bevetésben vett részt, ezek során 33 hajót (125 580 bruttó regisztertonna) süllyesztett el vagy rongált meg. Elsősorban az Északi- és az Ír-tengeren, valamint a Bristoli Csatornában tevékenykedett. Áldozatai között volt a brit Kafue (6 044 brt), Medora (5 135 brt), Leeds City (4 298 brt) és Atlantian (9 399 brt), a norvég San Andres (1 656 brt), valamint a Covington (16 339 brt) amerikai csapatszállító.
Az U–86 1918. június 27-én este fél tízkor, a nemzetközi egyezmények ellenére, megtorpedózta a Llandovery Castle kanadai kórházhajót, amely HalifaxbőlAngliába tartott. A 11 423 tonnás hajó tíz perc alatt elsüllyedt. Az U–86 ezután a felszínre emelkedett, és elkezdte módszeresen legyilkolni a túlélőket, hogy eltüntesse a nyomokat. A hajón utazó 258 emberből csak 24 maradt életben.
Utolsó napjai
Az első világháború után az U–86 azok közé a tengeralattjárók közé került, amelyeket a Német Császári Haditengerészet kénytelen volt a fegyverszüneti egyezmény értelmében átadni a szövetségeseknek. 1918. november 20-án az U–86 áthajózott Brunsbüttelből Harwichba. 1919. szeptember és 1920. március között a brit flotta szakemberei tanulmányozták, majd 1921. június végén elsüllyesztették a La Manche csatornában.
.png){kind=small}