Mielőtt miniszterelnökké kinevezték volna, Bagaps először az Abház Komszomol első titkára, az abház vezetés állandó moszkvai képviselője, majd üzletember volt.
Bagaps vezette a területet abban az időben, amikor valós veszély volt az újabb konfliktus kirobbanása Grúziával. Akkor vezette a területet, amikor az akkori grúz miniszterelnöknek, Vlagyiszlav Ardzinbának sokkal nagyobb hatalma volt a terület fölött, mint utódainak bármikor.
A grúz–abház feszültség 1998 májusában érte el csúcspontját, mikor Tbilisziben székelő elűzött kormány a hadsereget felvonultatta az abház-grúz határon. Ennek eredményeként kirobbant egy konfliktus, amit széles körben hatnapos háborúnak hívnak. 30.000 grúz menekült szökött át a határon, 1695, grúz fegyveresek által elfoglalt házat a földdel tettek egyenlővé.
2004-ben energiaügyi miniszter volt. 2004. július 20-án a két nagy ellenzéki mozgalom, az Amcakara és az Új Abházia közösen jelölték az októberi elnökválasztásra. A választásokon Bagaps és legnagyobb riválisa, Raul Hadzsimba, egyaránt vitatták az eredményt. Az Abház Választási Bizottság eredetileg Hadzsimbát hozta ki győztesnek, s az eredmények szerint Bagaps távoli második lett, de a Legfelsőbb Bíróság később úgy találta, hogy Bagaps 50,3%-kal megnyerte a választást. Később ezt a határozatot visszavonták, és új választásokat írtak ki. A választást 2005. január 12-én tartották, amit Bagaps az első fordulóban megnyert, Hadzsimba pedig miniszterelnök-helyettes lett.
2011-ben Moszkvában tüdőműtéten esett át, de május 25-én leállt a tüdeje, lélegeztetőgépre kapcsolták, majd négy nappal később a kórházban meghalt.