2012. július 2-án XVI. Benedek pápa leváltotta, miután Mario Giordana apostoli nuncius felszólítására nem mondott le hivataláról. Ennek okaként hivatalosan az év eleji apostoli vizitáció eredményeit és adminisztratív hiányosságokat jelöltek meg, de a pontos ok ismeretlen maradt.[2] Később nyilvánosságra került tizenegy kérdés, melyeket a Vatikán az ellene érkezett feljelentések alapján állított össze.[3] Leváltása visszhangot váltott ki a katolikus közvéleményben és a szlovákiai sajtóban; azzal is összefüggésbe hozták, hogy pénzügyi visszaélések gyanúja miatt vizsgálatot szorgalmazott elődje, Ján Sokol érsek ellen.[2]
