A települést egyes források szerint 1865. július 28-án alapította az a 150 walesi ember, akik a Mimosa nevű hajón érkeztek meg a helyszínre. (Máshol az olvasható, hogy a hajó csak szeptemberben érkezett meg.[1]) A Madryn nevet Sir Love Jones-Parry tiszteletére adták neki, aki a walesi Madryn baronetje volt, és aki a walesiek patagóniai letelepülésének egyik úttörője volt. A Punta Cuevas nevű helyen a könnyen megmunkálható sziklákban barlanglakásokat alakítottak ki, ezek ma is láthatók történelmi emlékhelyként. De a település igazi fejlédése csak 1886-tól kezdődött meg, amikor a walesiek, valamint spanyol és olasz bevándorlók munkájának eredményeként felépült a vasútvonal, ami összekötötte Puerto Madrynt a közeli Trelew városával. A városfejlődést ezután a kikötő és a vasút, ezáltal a kereskedelem és az ezekhez kapcsolódó szolgáltatások, például a raktározás határozta meg.[2][1]
A kialakult gazdasági rendszer egészen 1950-es évek végéig, az 1960-as évek elejéig működött. Ekkor azonban megszűntek az utolsó partmenti hajózással foglalkozó társaságok, megszűnt a Chubuti Kereskedelmi Társaság és bezárt a patagóniai vasút. Megjelent ugyanekkor a textilipar, amely azonban nem szerzett nagy jelentőséget magának. Az 1970-es évek elején jelentős kivándorlás indult meg, a település népessége csökkenni kezdett, de a folyamat nem tartott sokáig: a város északi részén felépült az alumíniummű és egy érckikötő, ezáltal számos új munkahely létesült, és újra megindult a betelepülés. A következő kevesebb mint tíz évben a lakosság megháromszorozódott. Hamarosan a turizmus egyik fontos térségbeli központja is itt alakult ki.[2]
Turizmus, látnivalók
A település jelentős turisztikai célpont, de a látnivalók nem magában a városban, hanem főként a környékén találhatók: a világörökség részét képező Valdés-félsziget, a Punta Tombo, az El Doradillo és a Punta Loma nevű természetvédelmi terület és a Chubut folyó alsó völgye. Puerto Madrynt a búvárkodás és a vízalatti tevékenységek országos fővárosának is nevezik, de ezek mellett van lehetőség kajakozásra, sporthorgászatra, hegyikerékpározásra és széllovaglásra is. Az élővilág is különleges: rengeteg delfin, fóka, bálna és pingvin látható a partvidékeket és a vizeket járva.[3][4]