Édesapja Nyisztor Mihály (1861-1914),[2] MÁV főkalauz, édesanyja Nógrádi Emma volt.[3] Nyisztor Zoltánnak két testvére volt: Mihálka Zoltánné Nyisztor Etelka és Nyisztor Tibor.
A rómaiCollegium Germanicum-Hungaricumban végezte el a teológiát, hazatérve előbb tanárként dolgozott, majd a szatmári püspök mellett teljesített szolgálatot.
1919-ben Budapestre költözött, ahol megismerkedett Bangha Bélával. A Magyar Kultúra, a Nemzeti Újság és az Új Nemzedék c. lapokban jelentek meg hitvédő írásai. Lelkigyakorlatos körutakat is tartott, Bangha Bélával pedig missziós körutat is tett Dél-Amerikában.
A '30-as években számos írása jelent meg, amelyekben a szekták ellen vette fel a harcot. Bangha Béla halála után megírta barátja életrajzát Bangha Béla élete és műve címmel.
A második világháború után a nyilasokkal való rokonszenvezése és antibolsevista megnyilvánulásai miatt letartóztatták, megverték, majd börtönbe zárták, csak több hónap múlva került szabadlábra. Kiszabadulva előbb Rómába emigrált, majd Spanyolországban élt, ahonnan először Kolumbiába, aztán Venezuelába költözött és az ott élő magyarok közt lelkipásztorkodott. Végül visszatért Rómába, itt élte le élete hátralevő részét.
Művei
A szociális kérdés; Simon Ny., Szatmár, 1919 (Világnézeti kérdések)
Ami a Vallomásból kimaradt (visszaemlékezések, útijegyzetek, Róma, 1971)
Idegen az idegenben (visszaemlékezések, München, 1973)
Jézus földi élete (tanulmány, München, 1975)
A dzsungel indiói; Vörösváry, Toronto, 1978
Párhuzamos napló. Weöres Sándor és Nyisztor Zoltán keleti útja; összeáll., szöveggond., utószó Steinert Ágota; Terebess, Bp., 1998
Villanások egy összedőlt világból. Naplójegyzetek Magyarországról és az emigrációból; szerk. Szakács Árpád; Kárpátia Stúdió, Köröstarkány–Balatonfőkajár–Bp., 2023
Egy összedőlt világ romjain. Naplójegyzetek Magyarországról és az emigrációból; szerk. Szakács Árpád, szöveggond. Tompó László; Kárpátia Stúdió, Köröstarkány–Balatonfőkajár–Bp., 2023
Életrajza
Adriányi Gábor–Csíky Balázs: Nyisztor Zoltán (Budapest, Argumentum Kiadó, 2005)