Ezután New Yorkba emigrált, ahol sebészként dolgozott. 1869-ben megalapította a New York-i Szemészeti és Hallási Intézetet, amelyet 1913–39 között Hermann Knapp Emlékkórháznak hívtak. 1882-ben a New York Egyetem professzora volt, majd 1888-ban a Columbia Egyetemen tanított. Fia, Arnold Knapp (1869–1956) szintén neves szemész volt.