A klubot 1936 májusában alapították a híres Donyec-vidéki szovjet szénbányász, Alekszej Sztahanov tiszteletére Sztahanovec Sztalino néven. Első sikerét 1951-ben már Sahtyor Sztalino néven érte el a szovjet labdarúgó-bajnokság harmadik helyével.
A „bányászok” csapata híres volt szolgálatkészségéről, csapatszelleméről és a mérkőzések lefújásáig tanúsított kitartó lelkesedéséről. Az 1960-as évek elején Oleg Osenkov vezetőedző irányítása alatt háromszor jutott be a szovjet kupa döntőjébe, amit 1961-ben és 1962-ben meg is nyert. A kupában sorozatosan kiemelkedő eredményt elérő Sahtyort a „kupacsapatnak” is becézték, bár a „bányászok” legeredményesebb időszaka az 1970-es évek közepétől az 1980-as évek elejéig tartott.
A Sahtyor 1975-ben második helyet ért el a szovjet labdarúgó-bajnokságban, így először képviselhette Szovjetuniót az európai kupaporondon. 1978-ban bronzérmet, majd egy évvel később a kiemelkedő szereplésének köszönhetően ismét ezüstérmet szerzett és a 26 gólt szerző Vitalij Sztaruhint az szovjet élvonal legjobb labdarúgójának és csatárának jelölték.
1980-ban és 1983-ban újfent a Sahtyor hódította el a szovjet kupát. Negyedik kupagyőzelmük évében a szovjet szuperkupa döntőjében legyőzték a szovjet bajnok Dnyepro Dnyepropetrovszkot.
Az 1992-ben ismét független Ukrajnában már jelenlegi nevén induló „Sahtar” a Dinamo Kijiv legnagyobb vetélytársává lépett elő az ukrán pontvadászatban. Részben az ukrán üzletember és milliárdos, Rinat Ahmetov nagylelkűségének köszönhetően a klub infrastruktúrája és játékstílusa 1996 óta jelentősen megváltozott. Az elnök ígéretet tett arra, hogy európai kupát hoz Doneckbe a Sahtar-szurkolóknak.
Az FK Sahtar Labdarúgó Akadémia 1999-ben nyitotta meg kapuit és napjainkban közel 3000 gyermek számára biztosít edzési lehetőséget.
A Sahtar mindmáig 13 alkalommal nyerte meg az ukrán labdarúgó-bajnokságot és 13 alkalommal az ukrán kupát, így méltán nevezhető az egyik legjobb ukrán labdarúgócsapatnak.
A csapat történelme legnagyobb sikerét 2009-ben érte el, amikor megnyerte az UEFA-kupát.
