A Black Clouds & Silver Linings az amerikai progresszív metal együttes Dream Theater 2009-ben megjelent tizedik stúdióalbuma. A lemez három különböző formátumban jelent meg: az új dalokat tartalmazó hagyományos CD mellett egy 3CD-s speciális változat és egy 3CD+DVD+2LP összeállítású boxset alakjában.
Megjelenése hetében a 6. helyen került a Billboard 200-as lemezeladási listájára az album, amely a zenekar történetének eddigi legjobb helyezése. Az első kislemez és videóklip az "A Rite of Passage" dalhoz készült, amelynek témája a szabadkőművesség.
A Six Degrees of Inner Turbulence (2002) albumon megkezdett ún. "12-lépéses szvit" (Twelve-step Suite), amely Mike Portnoy dobos alkoholizmushoz fűződő viszonyát dolgozza fel, a "The Shattered Fortress" című dal három tételében kerül lezárásra. A lemezen szereplő dalok zenéjét a zenekari tagok közösen szerezték, kivétel a "Wither", amit John Petrucci gitáros egymaga írt. A "The Best of Times" dal szövegében Mike Portnoy az év elején, 69 évesen, rákban elhunyt édesapjára (aki a Dream Theater névadója is volt egyben) és a vele töltött időkre emlékezik.
Az alábbi feldolgozások nem csak a limitált kiadásokhoz csatolt bónusz CD-n találhatóak meg, hanem egyenként, önállóan letölthető, digitális kislemezként is kiadásra kerültek az album megjelenése előtti hetekben.