A töröktől felszabadult Baranya vármegyében a korábbi örökös főispáni címet birtokló pécsi püspökök mellett több, örökletes főispánságra törekvő család (Draskovich, Végh) került a főispáni székbe, de valójában Baranya vármegyében nem lehet beszélni az örökletes főispánság kiépüléséről. A pécsi püspök a 16. század elejétől – több-kevesebb megszakítással – 1777-ig Baranya vármegye élén állt. A püspök-főispánok után kinevezett arisztokrata, majd köznemesi családokból származó főispánok – miután őket egyéb országos tisztségeik, főrendiházi tagságuk elszólították, illetve birtokuk sem volt a vármegyében – jórészt címként viselték a főispáni kinevezést, helyettük adminisztrátorok látták el a feladatokat. Majláth György volt a megye első főispán-helyettese, majd főispánja, aki valóban Baranyában élt.
II. József 1785-ben megszüntette a megyei autonómiát, az országot 10 kerületre osztotta és élükre kerületi főispánokat (biztosokat) állított, a régi főispánokat felfüggesztette. Halála előtt „nevezetes tollvonásával” visszavonta a rendeleteit, és visszaállította a megyék önkormányzatát.
1848-ban a kormány által kinevezett főispánok állami tisztviselők voltak, akiknek megyéjükben kellett tartózkodniuk.
Az 1849. január−áprilisi katonai kormányzatot váltó Bach-rendszer megszüntette a régi megyerendszert, az öt kerület élére állított kerületi főispánok és a megyénként vezetői posztra kinevezett megyefőnökök vették át a főispáni hatásköröket.
Az 1860. október 20-án kibocsátott Októberi Diploma elrendelte a régi rendszer visszaállítását, de csak rövid időre, mert az 1861. november 5-i ún. Schmerlingi provizórium ismét visszarendezte az önkormányzatok megszüntetését, de kevésbé abszolutisztikus kormányzással. „E szerint a főispán (főispáni helytartó, királyi biztos) a kormány megye területére kirendelt legfőbb közege, aki közvetlenül a Magyar Kancellária és Helytartótanács alárendeltségébe tartozik. A megye területén lévő szabad királyi városokat (pl. Baranya megye esetében Pécs) is a határkörébe rendelték, ezekben királyi biztosként működött.
A főispánok jogkörét a kiegyezés utáni törvényhatósági törvények (1870: 42. tc., majd 1886: 22. tc.) szabályozták, melyek lényegében 1950-ig érvényben voltak. A főrendiház átszervezésekor (1885: 7. tc.) megszűnt a főispánok hivatalviselés idejére szóló automatikus főrendiházi tagsága.
Az első világháborút követő politikailag zavaros években a baranyai és pécsi főispánok „a főispáni teendők ellátásával is megbízott kormánybiztos” címet viselték.
A belgrádi fegyverszüneti egyezmény alapján 1918. november 14. és 1921. november 22. között antant-szerb erők szállták meg Pécs várost és a megyének a Mecsek északi lejtője alatti területét. Az egyezmény a közigazgatást magyar kézen hagyta, de 1919. január 27-én a szerbek átvették azt, és csak a megye meg nem szállt részén, Sásd központtal működött tovább a magyar közigazgatás, így a magyar és szerb kormány külön-külön kormánybiztosokat nevezett ki.[1]
A második világháború ideje alatt a főispánok ismét kormánybiztosi (közellátási, országmozgósítási, hadműveleti kormánybiztosi stb.) megbízatásokat kaptak.
1945 után a főispánok hatásköre az ország politikai balra tolódásával párhuzamosan 1947 nyarától fokozatosan csökkent, 1948 nyarától már kevés befolyással rendelkeztek, végül a tanácsrendszer 1950. évi bevezetésével „véglegesen megszűnt az évezredes főispáni tisztség” is.
2022. július 19-én az országgyűlés elfogadta az addig megyei kormánymegbízott elnevezésnek vármegyei főispán elnevezésre módosítását.[2]
Baranya vármegye főispánjai 1688–1950