Az Atlantisz Könyvkiadó – az Atlantisz Alapítvány ikerszervezete – egy 1990 óta működő nonprofit szervezet, melynek legfontosabb célja a magyar (humán) tudományos könyvkiadás fenntartása, gyarapítása. Főként a filozófia, a történelem, a vallástudomány, a művészetelméletek és a kultúrtörténet klasszikus és modern kulcsműveit adja ki.
A kiadó a nyolcvanas években működő társadalomelméleti folyóirat, a Medvetánc örököse; alapítói a Medvetánc szerkesztői és az Eötvös Loránd Tudományegyetem voltak. A kiadó változatlan - bővülő - profillal működik azóta is, nonprofit jelleggel. Névválasztása nem véletlen: Atlantisz a szellem virtuális kontinensére utal; születésével egyidőben és a budapesti kiadóval összehangoltan a Prágai tavasz írói Csehszlovákiában, Brünnben is létrehoztak egy kiadót hasonló célkitűzéssel és azonos névvel, bár inkább szépirodalmi súlyponttal. A két kiadó az egykori kelet-európai demokratikus ellenzéki írók, művészek, társadalomkutatók egy csoportja által 1988-ban közösen alapított frankfurti Palais Jalta Institut keretei között működött együtt.
1990 óta a kiadó sorozatainak keretében több mint kétszáz könyv jelent meg.