Gradsko-prigradskim željezničkim prijevozom koristi se radnim danom u prosjeku oko 70 000 putnika. U 2006. godini prevezeno je 27 325 000 putnika.[1] Prva prigradska željeznička linija uvedena je 1992. na relaciji Savski Marof – Zagreb Glavni kolodvor – Dugo Selo. 2010. godine ta linija je produžena od Savskog Marofa do Harmice. Dionica Savski Marof – Dugo Selo najfrekventnija je željeznička pruga u Hrvatskoj, s najvišom prosječnom putnom brzinom i najvećim brojem prevezenih putnika. Uz ovu liniju, drugi važni prigradski smjerovi su prema Sisku, Karlovacu, Križevcima i Zaboku, a zajedno s područnim vlakovima iz Varaždina, Novske, Koprivnice i Bjelovara, HŽ je 2007. ukupno nudio 350 vlakova dnevno.[2]
U planu je izgradnja novih stajališta: Avenija Vukovar, Savski most, Trokut i Buzin, rekonstrukcija stajališta Remetinec i Odra i izgradnja perona u kolodvorima Velika Gorica, Zagreb Klara i Hrvatski Leskovac. ZET je u suradnji s HŽ-om uveo zajedničku mjesečnu i godišnju kartu (pokaz), koja vrijedi i u prigradskom željezničkom prometu, kao i na tramvajskim i autobusnim linijama ZET-a.
Gradsko-prigradske linije
Harmica – Savski Marof – Zagreb GK – Dugo Selo
Zagreb GK – Karlovac centar – (Ogulin)
Zagreb GK – Sisak Caprag – (Novska)
Zagreb GK – Dugo Selo – Križevci / Bjelovar – (Koprivnica)
Zagreb GK – Dugo Selo – Ludina – (Novska)
Zagreb GK – Zabok – Zlatar Bistrica – (Varaždin)
Zabok – Krapina – (Đurmanec)
Zabok – Gornja Stubica
Linije nemaju vlastiti broj ili službenu boju.
Prva i najvažnija prigradska linija je Harmica – Dugo Selo koja prolazi kroz zapadni i istočni dio Zagreba. Za razliku od većinu linija, ona počinje i završava izvan Zagreba te koristi Glavni kolodvor kao usputnu stanicu.
Vozni park
Uvođenje željeznice u sustav javnog gradskog i prigradskog prometa Zagreba ishodovalo je povećanju broja vlakova i prevezenih putnika. U gradsko-prigradskom željezničkom prijevozu u Zagrebu koristi se 10 elektromotornih garnitura, dok je u suradnji s Gradom Zagrebom izvedena rekonstrukcija šest garnitura. HŽ je uz financijsku potporu Grada Zagreba, u razdoblju od 2009. do 2012.[3] godine planirao nabavku 18 elektromotornih vlakova.[1]