Juniorska ekipa FC Bayern München je omladinska škola FC Bayern Münchena.
Juniorska momčad je osnovana 1902. godine,[1] a restrukturirana 1995. godine[2] i stvorila je neke od njemačkih najvećih nogometnih talenata, poput Andreasa Ottla, Philippa Lahma, Thomasa Hitzlspergera, Piotra Trochowskog i Bastiana Schweinsteigera. U njoj se nalazi 165 nogometaša, 16 trenera i instruktora, 1 fizioterapeut i 1 masažer.[1] Igrači ostaju dok ne nauče igrati za svoje pozicije, isto je i s vratarima, braničima veznim igračima ili napadačima. Treniraju se za najviše 2 pozicije.[3] Vizija juniorske ekipe je "naučavati mlade nogometaše da mogu igrati za FCB i nastaviti igrati klupski nogomet"[4]
Pretposljednja faza za mlade igrače Bayerna je Bayern München II, rezervna momčad Bayerna koja trenutno nastupa u 3. Ligi, trećem stupnju njemačkog nogometa.
Napomena: Zastave označavaju reprezentaciju kako je definirano FIFA-inim pravilima prihvatljivosti. Igrači mogu imati više od jednog državljanstva izvan FIFA-e.