ב-11 בדצמבר2001 הגיעה לנמלקיש שבאיראן האונייה קארין A. לישראל הגיע מידע מודיעיני לפיו הרשות הפלסטינית, בסיוע מספר חברות קש, רכשה את האונייה. לאחר שהתקבל המידע, נכנסה האונייה למעקב של גורמי המודיעין הישראלים.
לגורמי המודיעין בישראל התברר כי ברכישת האונייה והפעלתה מעורבים הבכירים הפלסטינים שעסקו בניסיון הברחת מצבורי נשק גדולים מחופי לבנון על האוניה "סנטוריני" שנלכדה ב-7 במאי2001 סמוך לחופי חיפה בדרכה לחופי רצועת עזה.
ישראל המשיכה לאסוף מידע אודות האונייה בשיתוף פעולה מודיעיני הדוק עם ארצות הברית וה-CIA.
לאחר שהאיראנים העמיסו את כלי הנשק הרבים על האונייה, היא יצאה בדרכה לחופי הרשות הפלסטינית. מהאי קיש שבמפרץ הפרסי הפליגה האונייה לנמל חודיידה שבתימן, שם עגנה לצורכי תדלוק, ומשם המשיכה לכיוון תעלת סואץ ולעזה.
באגף המודיעין התברר שהיקף הברחת הנשק על הספינה הוא עצום ולכן התקבלה החלטה להיערך לפעולת סיכול באמצעות הקומנדו הימי.
בשעה שלחיל המודיעין היה מספיק מידע אודות הספינה, החליט הרמטכ"ל, שאול מופז, כי זהו הזמן המתאים לצאת למבצע סיכול הגעת הספינה לחופי עזה.[1]
לוחמי הקומנדו הימי פשטו על כל חלקי הספינה שצוותה לא גילה התנגדות חמושה. נתפסו עשרה נוסעים: שני קציני המשטרה הפלסטינית, שלושה אזרחיםלבנוניים (ביניהם פעיל חזבאללה אחד) וחמישה אזרחים מצריים.[4]
איראן והרשות הפלסטינית הכחישו כל קשר לאונייה, אך בעקבות חקירת צוות הספינה, התברר כי הרשות הפלסטינית (שבראשה עמד יאסר ערפאת) מימנה את רכש הנשק. הנשק עצמו נרכש על ידי גורם איראני והועמס על הספינה באחד מנמלי איראן. בראיון שערך עודד גרנות עם קפטן הספינה עומר עכאווי, הודה עכאווי כי כלי הנשק הועמסו באיראן וכי הספינה הייתה בדרכה לחופי הרשות הפלסטינית.
ישראל ראתה חשיבות עליונה בהעברת המידע אודות מאמציו של ערפאת להשיג נשק מאיראן לצורכי טרור (כפי שבא לידי ביטוי באונייה זו), והעבירה לארצות הברית חומרים סודיים המוכיחים טענה זו, במסגרת ביקור מיוחד של הרמטכ"ל שאול מופז בארצות הברית. לטענת מופז ומשה יעלון, האמריקאים השתכנעו מהחומר הסודי שהוצג לפניהם כי ערפאת מעורב עמוק בטרור, ובעקבות החומר השתנה מהותית יחסו של הממשל האמריקאי לגבי ערפאת והרשות הפלסטינית, שהתבטאו בניתוק קשרים, בהצהרה כעבור זמן קצר כי 'יש להחליף את המנהיגות הפלסטינית', ובמתן יד חופשית לישראל כעבור מספר חודשים במסגרת מבצע חומת מגן.[6]
גורל האונייה
לאחר פינוי מטען הנשק, ביקשו גורמים תיירותיים פרטיים לקבל את גוף האונייה ולהשקיעו בקרבת החוף לאתר צלילה. גורמי איכות הסביבה התנגדו בטענה כי חוף אילת מלא בכאלה ואין מקום לכך. בהוראת ראש הממשלה אריאל שרון הוטבע גוף האונייה בלב מפרץ אילת בעומק רב.[7] ראש התורן הוסר והוצב למזכרת ליד המוזיאון ההיסטורי של אילת.[8]
על גורל האונייה הופצו ידיעות סותרות כדי למנוע מידע מהאויב או ביקורת מבית.[9]