בצפון מזרחה של אפריקה, על גדות נהר הנילוס, קמה לה אחת הציוויליזציות העתיקות ביותר בהיסטוריה האנושית – מצרים העתיקה. ראשיתה של התרבות המצרית העתיקה בערך ב-3150 לפנה"ס, באיחוד הפוליטי של תרבויות עמק הנילוס הגדולות תחת הפרעה הראשון, והיא התפתחה במשך שלושת אלפי השנים הבאות. ההיסטוריה שלה מחולקת למספר תורי זהב, הידועים כ"ממלכות", ובהן תקופות של חוסר יציבות יחסית הידועות כ"תקופות ביניים". עם סוף תור הזהב האחרון, הידוע כ"ממלכה החדשה", תרבות מצרים העתיקה החלה להדרדר, ומצרים נכבשה בידי כמה כוחות זרים. שלטונם של הפרעונים הסתיים רשמית ב-31 לפנה"ס, כאשר האימפריה הרומית כבשה את מצרים ועשתה אותה לפרובינציה.
תרבות מצרים העתיקה הייתה מבוססת על איזון מבוקר של משאבי טבע ואדם תחת שלטונו של הפרעה, מנהיגים דתיים, ומושלים. התרבות המציאה חידושים רבים: השקיה מבוקרת של עמק הנילוס הפורה, ניצול של המינרלים בעמק ובאזורי המדבר הסובבים, התפתחות מוקדמת של ספרות ושל מערכת כתיבה עצמאית, ארגון של מיזמי בנייה וחקלאות קולקטיביים, מסחר עם האזורים הסובבים באפריקה ובמזרח התיכון, ומסעות צבאיים שהביאו לניצחון על צבאות זרים והבטיחו את הדומיננטיות המצרית באזור. הארגון והייזום של פעילויות אלה נעשה בידי בירוקרטיה של סופרים, מנהיגים דתיים ומושלים תחת הפרעה האלוהי, שהבטיח את האחדות ואת שיתוף הפעולה של העם המצרי דרך מערכת מורכבת של אמונות דתיות.
בצפון מזרחה של אפריקה, על גדות נהר הנילוס המרכזי, דרומית למצרים, בצפון שטחה של סודאן של ימינו, קמה לה אחת הישויות העתיקות ביותר בהיסטוריה האנושית – ממלכת נוביה. ראשיתה של התרבות הנובית בערך ב-3500 לפנה"ס. לממלכת נוביה הייתה השפעה עצומה על מצרים העתיקה בפרט ועל המדינות הסובבות אותה בכלל. דבר זה התבטא בעיקר בסחר המוגבר שקיימה עם המדינות הסובבות אותה. ממלכת נוביה סחרה בזהב, נחושת, נוצותיען, הָבְנֶה ושנהב, סחורות אלו רכשה ממדינות אפריקאיות בפנים היבשת ומכרה אותם בעיקר למצרים.
שלטונם של מלכי בית תלמי, התאפיין ביריבויות קשות בין האצילים, ומתנגדים רבים הוגלו ונרצחו. המלכה האחרונה לבית זה הייתה קלאופטרה, שנודעה כמאהבתו של יוליוס קיסר ומאוחר יותר גם של מרקוס אנטוניוס. קלאופטרה הצליחה לשמור על עצמאותה של מצרים, אך לאחר הפסדו של אנטוניוס בקרב אקטיום (31 לפנה"ס) וניצחונו של אוגוסטוס, היא התאבדה. לאחר מותה הקיץ הקץ על בית תלמי, ומצרים הפכה לפרובינקיה רומית.
באותה התקופה האזור עבר תהלכי עיור מתקדמים, ורבים מן השבטים נושלו מאדמותיהם. השגשוג של רוב ערי האזור היה תלוי בחקלאות. האזור אף כונה "אסם האימפריה", ונהג לייצא תבואה בכמויות גדולות לשאר חלקי האימפריה, בעיקר לאיטליה וליוון. יבולים אחרים שיוצרו באזור כללו פירות, תאנים, ענבים ושעועית.
תחת השלטון הרומאי צפון באפריקה הייתה קהילה יהודית גדולה.
העידן הנוצרי בצפון אפריקה החל מעליית הנצרות בצפון אפריקה עם התנצרות האימפריה הרומית באופן רשמי בשנת 380 לספירה, ועד הכיבוש המוסלמי של האזור במאה ה-7.
במהלך המאות ה-3 וה-4 קנתה לה הנצרות מעמד של בכורה באזור. בשנת 284 לספירה, התפלגה האימפריה הרומית לאימפריה לאימפריה מזרחית (האימפריה הביזנטית) ולאימפריה מערבית. כך היה גם בצפון אפריקה, והגבול באזור זה בין שתי המדינות עבר באמצע לוב של ימינו, כך שמצרים וקירנאיקה במזרח היו תחת שלטונה של האימפריה המזרחית, וחלקו המערבי של האזור (מערב לוב, תוניסיה, אלג'יריה ומרוקו של ימינו) היה תחת האימפריה המערבית.
במהלך המאה ה-5 איבדה האימפריה הרומית המערבית את שטחי שלטונה במערב צפון אפריקה, ובמאה ה-7 איבדה האימפריה הרומית המזרחית את שטחי שלטונה במזרח צפון אפריקה. את הריק השלטוני באזור תפסו מספר שבטים ברברים אשר פרסו את חסותם באזור, לצד ערים אשר החלו צוברים כוח והשפעה. בשנים אלו המשיכה הנצרות להוות את הדת המשמעותית באזור.
הנצרות לא נשארה הדת השלטת בצפון אפריקה לאורך זמן. במהלך המאה ה-7, במקביל להתפוררותה של האימפריה הרומית המזרחית, נכבש האזור בידי האימפריה המוסלמית, ותושבי האזור, חלקם ברצון חלקם בכוח, התאסלמו וקיבלו את האסלאם כדת השלטת. דת זו היא הדת הרווחת באזור כמעט באופן מלא עד ימינו אלה. ימים אלו היו ימים של פריחה תרבותית באזור, אך עד מהרה, עם התמוטטותה של האימפריה המוסלמית, הוא שקע לסכסוכים בין שושלות מוסלמיות על השליטה באזור.
בשנת שלאחר ימי הביניים, האזור (למעט מרוקו של ימינו) היה תחת שלטון האימפריה העות'מאנית והתאפיין בשליטה רופפת. השלטון העות'מאני התרכז בערים אלג'יר, תוניס וטריפולי.
חזית צפון אפריקה במלחמת העולם השנייה, התאפיינה בהתקדמויות ונסיגות נשנות של שני הצדדים הלוחמים (בעיקר הגרמנים והבריטים). בספטמבר 1940 התקדמו כוחות איטליה מלוב, שהייתה בשליטה איטלקית, למצרים, שהייתה בשליטה בריטית. הכוחות הבריטיים בפיקוד ארצ'יבלד וייוול הצליחו להדוף את האיטלקים וכעבור חצי שנה לקחו בשבי כ-113,000 חיילים איטלקיים. במרץ 1941 נחתו בצפון אפריקה שתי דיוויזיות גרמניות ("קורפוס אפריקה") בפיקודו של רומל. רומל הצליח להדוף את בעלות הברית לגבול לוב-מצרים, פרט לנמל טוברוק שבלוב, שנשאר כמובלעת של בעלות הברית. הגנרל הבריטי אוקינלק החליף את ויוול בפיקוד על הזירה וניסה לתקוף את הגרמנים בנובמבר 1941. עד ינואר 1942 הוא התקדם עד בנגזי שבלוב, ושחרר את המצור על טוברוק. אחר כך הוא נאלץ לסגת. ביוני 1942 כבשו מדינות הציר את טוברוק, והתקדמו עד לאזור אל עלמיין מזרחה לגבול המצרי-לובי.
