עם סיום חוזה ההשאלה של לואיס למדריד, הושאל לואיס לדפורטיבו לה קורוניה, עם אפשרות בחוזהו לרכישה בסכום של 2.2 מיליון אירו. בעונתו הראשונה בקבוצה לא קיבל לואיס הזדמנויות רבות, אך עם עזיבתו של ז'ואן קפדבילה לויאריאל הפך לשחקן מפתח בהרכב דפורטיבו.
ב-10 ביוני2008, עם סיום עונת 2007/2008, מומש סעיף הרכישה של לואיס, והשחקן חתם על חוזה ל-5 עונות. בעונתו הראשונה כשחקן דפורטיבו שיחק לואיס בכל משחקי הלה ליגה באותה עונה, 38 משחקים.
ב-23 בינואר2010, במהלך משחק בית מול אתלטיק בילבאו, נפצע לואיס פציעה חמורה בשוקיתו הימנית לאחר תיקול עם השוערגורקה אירייסוס. עד לפציעה שיחק לואיס בכל משחקי הליגה של אותה עונה, ודפורטיבו דורגה במקום הרביעי בטבלה. לואיס חזר לשחק לאחר 4 חודשי היעדרות בלבד, ועזר לקבוצתו לסיים את העונה במקום ה-10.
אתלטיקו מדריד
ב-23 ביולי2010 עבר פיליפה לואיס לאתלטיקו מדריד וחתם על חוזה ל-5 שנים. סכום ההעברה לא פורסם, אך על פי דיווחים עמד על כ-12 מיליון אירו.
את הופעת הבכורה הרשמית שלו במדי אתלטיקו עשה ב-26 בספטמבר, נגד ריאל סרגוסה, כאשר בישל לבן ארצו, דייגו קוסטה את השער היחיד במשחק. פיליפה לואיס קיבל את תואר "איש המשחק" על משחק זה.
במהלך עונתו הראשונה של פיליפה לואיס באתלטיקו נאבק עם אנטוניו לופס גררו, בוגר מחלקת הנוער של אתלטיקו, על מקום בהרכב הראשון.