צורת הממשל של בוסניה והרצגובינה היא רפובליקה דמוקרטית פדרלית ייצוגית. הרשות המבצעת של המדינה נקראת מועצת השרים המורכבת מקואליציה שבראשה עומד ראש הממשלה. האספה הפרלמנטרית מבקרת את הממשלה ובתי הנבחרים של הישויות השונות.
המערכת המשפטית היא עצמאית ונפרדת משאר הרשויות. מערכת השלטון נוסדה בהסכם דייטון שנחתם ב 14 בדצמבר 1995 המעניק לבוסניה והרצגובינה חסות בינלאומית, על פי אותו הסכם הוקם משרד מיוחד הנקרא משרד הנציג הגבוה (OHR) שבראשו עומד הנציג הגבוה תפקידו העיקרי הוא לקדם ממשל דמוקרטי, יציב ורב אתני. הסכם זה נותן לכל שלוש הקבוצות האתניות השונות יצוג וכוח שווה. מבחינה מנהלית מחולקת המדינה לשתי ישויות עצמאיות רפובליקה סרפסקה (שהיא הישות העצמאית של הסרבים) והפדרציה של בוסניה והרצגובינה (שמורכבת מפדרציה של הבוסנים והקרואטים). וכן מחוז ברצ'קו שהוא מחוז עצמאי שלא שייך לאחת מן הישויות.
יושב ראש של הנשיאות נבחר משלושת הנשיאים (הבוסני, הסרבי והקרואטי) המכהנים בתפקיד הנשיא. הנשיאים נבחרים לכהונה בת ארבע שנים ומתחלפים כל שמונה חודשים בתפקיד הביצועי עד גמר הכהונה. הנשיאים נבחרים כל אחד על ידי הקהילתו שלו הנשיא הסרבי נבחר על ידי רפובליקה סרפסקה והנשיאים הבוסני והקרואטי נבחרים על ידי הפדרציה של בוסניה והרצגובינה. הנשיא הוא ראש המדינה אך תפקידיו העיקרים הם ניהול מדניות החוץ והצעת התקציב.
יושב ראש (ראש הממשלה) והשרים של מועצת השרים ממונה על ידי הנשיא ומאושר על ידי בית הנבחרים. המועצה אחראית על קביעת מדיניות פנים וחוץ, ביצוע החלטות ואחראית גם על יחסי הישויות השונות. לכל אחת מן הישויות ישנה ממשלה משלה שעוסקת במדניות הפנים שלה.
התפקידים העיקרים בממשל:
אספת הפרלמנט (Parlamentarna skupština) היא בית הנבחרים הפדרלי של בוסניה והרצגובינה המחולקת לשני בתים.
התפקידים העיקרים של אספת הפרלמנט הם:
לבוסניה והרצגובינה אין תאריך קבוע לבחירות למרות שהבחירות נערכות כל ארבע שנים. הבחירות האחרונות נערכו ב-2 באוקטובר 2022.
בית העמים כולל 15 חברים (5 בוסנים, 5 סרבים ו 5 קרואטים) המכהנים לתקופה בת שנתיים, הנציגים הבוסנים והקרואטים נבחרים על ידי בית העמים של הפדרציה של בוסניה והרצגובינה והנציגים הסרבים נבחרים על ידי מועצת העמים של רפובליקה סרפסקה.
בית הנבחרים מכיל 42 חברים (14 בוסנים, 14 סרבים ו 14 קרואטים) המכהנים כארבע שנים בתפקיד, הנציגים הבוסנים והקרואטים נבחרים על ידי בית הנבחרים של הפדרציה של בוסניה והרצגובינה והנציגים הסרבים נבחרים על ידי האספה הלאומית של רפובליקה סרפסקה.
לבוסניה והרצגובינה יש מערכת רב מפלגתית, חלק מהמפלגות הם 'רב אתניות' וחלק מפלגות אתניות (סקטורליות).
רשימת המפלגות:
שיטת המשטר בבוסניה והרצגובינה היא דמוקרטית, בה נערכים כל ארבע שנים בחירות. תוצאות הבחירות האחרונות שנערכו ב 5 באוקטובר 2002 לבית הנבחרים של בוסניה והרצגובינה.
בית המשפט התחוקתי של בוסניה והרצגובינה הוא בית המשפט העליון, והערכה הסופית. הוא מורכב מתשעה חברים: ארבעה נבחרים על ידי בית הנבחרים של הפדרציה של בוסניה והרצגובינה, שניים נבחרים על ידי האספה הלאומית של רפובליקה סרפסקה ושלושה נבחרים על ידי נשיא בית המשפט האירופאי לזכויות אדם לאחר התייעצות עם הנשיא.
בתי המשפט של בוסניה והרצגובינה מחולקים לשלוש ערכאות שונות: עירוני, פלילי ובית משפט לערעורים, השופטים על פי רמת הערכאה שלהם, על מנת לערער יש לפנות לבתי המשפט של הישויות השונות. בתי המשפט עוסקים גם בפשע מאורגן ובפשע כלכלי, דוגמה לפשע כלכלי בבוסניה והרצגובינה היא נשיא בוסניה והרצגובינה לשעבר שהודח עקב שותפות בפשע כלכלי מאורגן.
לכל אחת מהישויות של בוסניה והרצגובינה יש בית משפט עליון. ובנוסף גם בתי משפט בערכאות נמוכות. בפדרציה של בוסניה והרצגובינה ישנם עשרה בתי משפט מחוזיים, וגם מספר בתי משפט בערים שונות. ברפובליקה סרפסקה ישנם חמישה בתי משפט אזורים.