עונת 2011/2012 בליגת נשים שנייה הייתה העונה ה-3 בליגת המשנה בכדורגל נשים בישראל תחת אחריות הההתאחדות לכדורגל בישראל. העונה הסדירה נפתחה ב-8 בנובמבר 2011 והסתיימה ב-10 באפריל 2012. גם בעונה זו לקחו בליגה חלק פעיל 5 קבוצות בלבד.
אל מ.כ. רמת השרון ומ.ס. קריית גת מהעונה הקודמת הצטרפו בנות קיסריה טבעון שהצליחה להעמיד קבוצה העונה וכן הקבוצות החדשות שהוקמו - מכבי כפר סבא ומ.ס. כפר יאסיף.
הפועל עירוני ראשון לציון שסיימה אחרונה בליגת נשים ראשונה בעונה הקודמת וירדה לליגה השנייה התפרקה והמועדון חדל לפעול.
בעונה זו התקיימו ארבעה סיבובים בני 5 מחזורים כל אחד - 20 מחזורים בסך הכל. כל קבוצה שיחקה 16 משחקים במהלך העונה.
מ.כ. רמת השרון סיימה ראשונה ועלתה לליגת נשים ראשונה.