עונת 1968/1969 בליגה הלאומית הייתה העונה ה-13 של הליגה הלאומית כליגת הכדורגל הבכירה בישראל. על ניצחון במשחק הוענקו שתי נקודות ונקודה בודדת הוענקה על תיקו. במידה והיה שוויון בנקודות, נקבע הדרוג בטבלה על פי יחס שערים. הליגה כללה 16 קבוצות. הקבוצות שעלו לליגה הלאומית לעונת 1968/1969 היו הפועל כפר סבא ובית"ר ירושלים. העונה החלה ב-2 בנובמבר 1968 והסתיימה ב-21 ביוני 1969. בתום העונה סיימה הפועל תל אביב במקום הראשון וזכתה באליפות. המבקיע המצטיין של העונה היה מרדכי שפיגלר ממכבי נתניה שכבש 25 שערים.
בסיום העונה מכבי שעריים והפועל רמת גן ירדו ליגה. הקבוצות שעלו לליגה הלאומית לעונת 1969/1970 היו מכבי פתח תקווה ובית"ר תל אביב.