כשהוקם בית הספר אליאנס בחלב, התמנה הרב למשרת חכם בית הספר, והיה אמור ללמד תנ"ך ותלמוד. אחר תקופה קצרה פרש מהתפקיד, בטענה כי "כוונות המוסד אינן טהורות" וכי אינו מחנך ליראת שמיים כשאר בתי הספר האחרים בעיר[1].
בראשות ישיבת 'דגל התורה'
בשנת ה'תרס"ט התמנה לראש ישיבת "דגל תורה לתלמידים" - הישיבה המרכזית בחלב, יחד עם חברו הרב משה טוויל - רבה הראשי של חלב. בישיבה למדו לאורך השנים תלמידים רבים, ויצאו ממנה רבנים מפורסמים[דרושה הבהרה]. בתפקיד זה שימש במשך חמישים שנה[2]. בשנת ה'תרפ"ד נולד בנו הרב יצחק זעפראני[3].
בנוסף שימש כרב וכחזן בית הכנסת הגדול בארם צובא, וכממונה ומפקח על המקוואות, הכתובות ושירותי הדת הנוספים בעיר.
כעבור זמן מה עבר הרב סלים תאונת דרכים ונפל למשכב, אך גם ממיטת חוליו סירב לתבוע את הנהג הפוגע, בטענה כי "גזירה היא מלפני השם ואין להרהר בה". קודם פטירתו הורה בצוואתו שלא יקראוהו 'חכם' או 'רב', ולא יספידוהו או יפרסמוהו במודעות, וכן לא ירשמו על מצבתו תארים כגון 'רב' או 'חכם' אלא רק את שמו, שם אביו ותאריך הפטירה.
בארון הקודש בבית הכנסת הגדול בארם צובא, שכן ספר תנ"ך עתיק שנכתב בטבריה בשנת 930 בקירוב על פי כללי המסורה הטבריינית, ונחשב לנוסח המדויק ביותר של התנ"ך. מקובל כי הרמב"םהגיה את ספר התורה שלו, מתוך עותק זה של התנ"ך בהיותו בקהיר.
יומיים לאחר ההכרזה על תוכנית החלוקה בכ"ט בנובמבר1947, החלו להתרחש "פרעות חלב" ביהודי העיר. אספסוף ערבי נהר לרובע היהודי והרס, שדד ושרף בתים רבים ואת רוב בתי הכנסת. הרב משה טוויל סיפר כי בצהרי היום התאספו גויים רבים ליד בית הכנסת, והכריזו: 'פלסטין בִּלָאדְנָא ויָאהוּד כִּלָאבְּנָא' (פלסטין היא ארצנו והיהודים כלבינו). אחרי הצהריים התנפל ההמון בסיוע צבא סוריה על בית הכנסת הרחיב והבעיר את המקום. בנוסף הוצאו כארבעים ספרי תורה ושרפו אותם בחוץ בנפט ובשמן לעין כל.
במשך שלושה ימים הסתגרו יהודי חלב הנפחדים בבתיהם, ורק לאחר מכן העזו לצאת. לא היו אמנם נפגעים בנפש, אך החיפושים בין החורבות המפויחות של בית הכנסת העתיק העלו כי הכתר נעלם.
מתברר כי יהודי בשם אשר בגדאדי חמק אל תוך בית הכנסת במהלך הפרעות ובין הלהבות, הוציא את כתר ארם צובא שנשרף חלקית והביאו לביתו של הרב סלים זעפראני. מחשש שמא הערביים יחפשו את הכתר ויזיקו לו, אספו הרבנים בבכי גדול את הגווילים השרופים למחצה, גנזום בכד ופרסמו כי הכתר נשרף כליל[2].
