עוד לא גוועו הדי משפטי פראג וב-13 בינואר 1953 הודיעה ברית המועצות על העמדתם לדין של תשעה רופאים, שישה מהם יהודים, בראשם פרופסור מירון וובסי (רופאו האישי של סטלין) ובהם ד"ר פלדמן, ד"ר אטינגר, ד"ר מאירוב, ד"ר גרינשטיין ושני רופאים בשם קוגן. הרופאים הואשמו בחברות בארגון יהודי הקשור עם הג'וינט, שקשר קשר להמתת מנהיגי ברית המועצות באמצעים רפואיים ועל ידי הרעלה.
ההודעה הסובייטית גם הכפישה את זכרו של שלמה מיכאלס, שהיה מנהל התיאטרון היהודי ונרצח בפקודת סטלין, כמי שיצר את הקשר בין ארגון הג'וינט לנאשמים. בה בעת הגיעו שמועות על גירוש המוני הצפוי ליהודי ברית המועצות.
בהובלת השלטונות החלה הכנת מכתב פומבי שהיה אמור להיות חתום על ידי יהודים סובייטים בולטים ויפורסם בעיתון "פרבדה". ההחתמה על המכתב הייתה בהובלת איסאק מינץ. בסופו של דבר המכתב לא פורסם, למרות שכמה עשרות יהודים הוחתמו על הנוסח[1].
ב-5 במרץ 1953 מת יוסיף סטלין, וכעבור כחודש בלבד, ב-4 באפריל, פורסמה הודעה רשמית במוסקבה כי הרופאים שוחררו, מאחר שנמצא כי הם חפים מפשע והודאותיהם נתקבלו באמצעי לחץ. בהמשך נאמר כי האחראים לעלילה נאסרו ונענשו.
היחס בישראל
דבר המשפט גרם לזעזוע בישראל. מחד יצא דוד בן-גוריון למסע שנועד להוציא את המפלגה הקומוניסטית הישראלית (מק"י) מחוץ לחוק ולשלוח את ראשיה לכלא[2]. מאידך גרם המשפט להתפלגותה ממפ"ם של סיעת שמאל בראשות משה סנה, שהצהירה על אמונתה באשמתם של נאשמי פראג ושל הרופאים.
שחרור הרופאים היה הסנונית הראשונה של תקופת "ההפשרה" שלאחר מות סטלין, וכעבור זמן לא רב, ב-20 ביולי 1953, נמסרה הודעה על חידוש היחסים הדיפלומטיים בין ברית המועצות למדינת ישראל, שנותקו על ידי הסובייטים ב-11 בפברואר 1953, לאחר שאנשי מחתרת צריפין הטמינו פצצה בשטח הצירות הסובייטית בתל אביב.
