משלחת הפליטים באולימפיאדת טוקיו 2020 היא קבוצה של ספורטאים בינלאומיים שהוכרו כפליטים על ידי הוועד האולימפי הבינלאומי. זו הפעם השנייה שמורכבת משלחת כזו, לאחר משלחת דומה שהוקמה לקראת אולימפיאדת ריו דה ז'ניירו (2016). המשלחת מונה 29 ספורטאים בינלאומיים המתחרים ב-12 ענפי ספורט.
קוד המשלחת EOR על פי ראשי תיבות בצרפתית של Équipe olympique des réfugiés.
לקראת משחקי טוקיו מועצת המנהלים של הוועד האולימפי הבינלאומי החליטה שלראשונה ייקחו במשלחת הפליטים גם שני אתלטים השוהים בישראל: רץ המרתון תחלואיני מלקה מאריתריאה וג'מאל עבדלמאג'י עיסא מוחמד מסודאן המתחרה ב-5000 מטר. השניים היו חלק מ-29 הספורטאים שנבחרו להשתתף במשלחת הבינלאומית המתחרה תחת הדגל האולימפי.[1] תחלואיני (לואי) מלקה נשא את דגל משלחת הפליטים בטקס הפתיחה של האולימפיאדה, ביחד עם השחיינית יוסרה מרדיני מסוריה השוהה בגרמניה.[2]