זמן קצר לפני מלחמת ששת הימים חזר לסיירת מטכ"ל תחת פיקודו של עוזי יאירי ושימש כמפקד כוח במבצע תשורה. בשנת 1969 מונה למפקדה[2]. בתקופתו השתתפה היחידה במבצעים רבים, רובם נותרו עלומים, למעט הפשיטה על האי גרין, שהייתה פעולה חריגה באופי פעילות הסיירת[3]. דיגלי פיקד על כוח הסיירת בפשיטה[4], בה נהרגו שלושה לוחמים מהסיירת ושלושה נוספים מהקומנדו הימי.
לאחר סיום תפקידו כמפקד הסיירת, שהה מספר חודשים בהשתלמויות מקצועיות בצבא האמריקני. בספטמבר 1971 מונה לעוזר ראש מחלקת איסוף באגף המודיעין, מאפריל 1972 שימש ממלא מקום בפועל של ראש המחלקה וביוני 1972 מונה למפקדה באופן קבוע[5]. בתקופה שקדמה למלחמת יום הכיפורים ניסה לשווא לשכנע את ראש אמ"ן אלי זעירא להפעיל את "האמצעים המיוחדים", אמצעי איסוף מודיעין אותות שהותקנו במצרים[6].
כאחד מלקחי מלחמת יום הכיפורים אל"ם דיגלי יזם תוכנית להקמת מערך איסוף מודיעין אוגדתי. התוכנית אושרה ובשנים 1976–1977 פיקד דיגלי על מערך ההקמה של גדודי המודיעין האוגדתיים.