בין המיקרואורגניזמים כלולים יצורים בעלי תכונות שונות, שהמשותף לכולם הוא גודלם הזעיר. ביניהם: חיידקים, פטריות קטנות כמו שמרים, אצות זעירות ויצורים חד-תאיים כגון האמבה והסנדלית. מרבית המיקרואורגניזמים הם יצורים חד-תאיים המתקיימים כבודדים או בצברים, יש גם מיקרואורגניזמים החיים במעין מרבדים בבתי גידול מימיים. ישנם גם בעלי חיים רב-תאיים שהם מיקרואורגניזמים, כגון דובוני מים ורוב הנמטודות.
אצל רבים רווחת הדעה כי חיידקים, נגיפים ומיקרואורגניזמים אחרים הם מזיקים הגורמים מחלות לבעלי חיים (כולל האדם) ולצמחים. הדימוי של מיקרואורגניזמים בכלל ושל חיידקים בפרט כמזיקים נכון חלקית בלבד, למעשה רק כ-1% מאלפי המינים הידועים של מיקרואורגניזמים גורמים למחלות[דרוש מקור][דרושה הבהרה]. ללא מיקרואורגניזמים לא היו יכולים להתקיים חיים על פני כדור הארץ, שכן בלעדיהם לא היו מתרחשים תהליכים חיוניים רבים בטבע, כגון עיכולתאית על ידי מעלי גירה; פירוק גופם של יצורים מתים לא היה מתאפשר והם היו מצטברים על פני כדור הארץ, וכך היה נמנע מיחזור החומרים בטבע. חומרים חיוניים לא היו זמינים ובעקבות זאת חברות ואוכלוסיות רבות של יצורים לא היו מתקיימות. כך גם חלק תהליך הפוטוסינתזה (מבחינת כמות החומר) שהופך מים ופחמן דו-חמצני לחמצן וסוכר מתבצע על ידי אצות חד-תאיות.
על פי עדויות מתקופות קדומות, מיקרואורגניזמים הם בין היצורים הקדומים ביותר על פני כדור הארץ, ותפוצתם רחבה מאוד, הרבה יותר מאשר תפוצתם של יצורים אחרים. ניתן למצוא מיקרואורגניזמים, בעיקר חיידקים, כמעט בכל מקום. מיקרואורגניזמים מצויים בקרקע, במים, מפוזרים באוויר על גבי גרגרי אבק וחלקיקים אחרים. הם נפוצים על פני כדור הארץ באזורים שעד לפני שנים מעטות לא שיערו שיכולים להתקיים בהם חיים. למשל: ניתן למצוא חיידקים במעמקי הים החשוכים, במעיינות של מים רותחים, בימות מלוחות כמו ים המלח, ובקרחונים. מיקרואורגניזמים מצויים על פני המזון שלנו, על פני גופנו ובתוכו.
גילוי המיקרואורגניזמים
גילוי המיקרואורגניזמים, במאה ה-17, התאפשר לאחר פיתוח המיקרוסקופ הפשוט שבאמצעותו התאפשר לראשונה לראות אותם. פיתוח אמצעים משוכללים יותר מאפשר כיום גילויים ושימושים רבים במיקרואורגניזמים.
הסוחר ההולנדיאנטוני ואן לוונהוק (Antony van Leeuwenhoek; 1632–1723) היה חוקר חובב ועסק בתצפיות במיקרוסקופ שפיתח. ב-7 בספטמבר 1676 הוא שלח לחברה המלכותית בלונדון את אחד התיעודים המוקדמים ביותר על גילויים של מיקרואורגניזמים:
אדוני, במרחק מה מעירי מצויה ימה פנימית, אשר קרקעיתה בוצית. בחורף צלולים מימיה, אך בקיץ הם הופכים לבנבנים... במים אלה מצויים דגים לרוב והם טובים למאכל. בעוברי זה לא מכבר על פני ימה זו, נשבה רוח קלה, והמים נגלו לעיני כפי שתארתים זה עתה. נטלתי מעט מהמים בכלי זכוכית ובדקתים למחרת היום. בדיקתי העלתה כי במים מתנועעים חלקי קרקע וכן כמה מקלות קטנים ירקרקים... וביניהם זעו נעו בעלי חיים זעירים רבים. חלקם היו עגולים, חלקם מוארכים, צורתם וצבעם של בעלי חיים אלה היו שונים ומגוונים... תנועתם של רבים מהם מהירה עד מאוד והתנהלה בכיוונים שונים: למעלה, למטה וגם סחור-סחור... אני מודה ומתוודה: התפעלותי לא ידעה גבול! לדעתי, כמה מיצורים זעירים אלה היו קטנים אלף מונים מהיצורים הקטנים ביותר שראיתי עד כה!
במשך כמאתיים שנה לאחר גילוי החיידקים על ידי ואן לוונהוק הם נשארו נושא להתעניינותם של סקרנים בלבד. אנשי המדע לא הקדישו להם תשומת לב ולא ייחסו להם חשיבות. רק במחצית השנייה של המאה ה-19 החלו החוקרים להבין את התפקידים החשובים של המיקרואורגניזמים כגורמי מחלות וכמשתתפים בתהליכים ביולוגיים, ובאותה תקופה גם החל המחקר המעמיק בתחום זה.
,_Lorryia_formosa.jpg)
