מחלקת בתי הכלא הלאומית (בפורטוגזית: Departamento Penitenciário Nacional, בראשי תיבות: DEPEN), היא סוכנות אכיפת חוק פדרלית האחראית על אבטחה ומינהל מערכת הכלא הפדרלית בברזיל (Sistema Penitenciário Federal).
סוכנות זו אורגנה מחדש בשנת 2006, עם תקינת מספר תקנות וחוקים חדשים ובניית בתי כלא חדשים.
המחלקה אחראית
DEPEN אחראית גם לתחזוקה המינהלית והכספית של המועצה הארצית למדיניות פלילית ועונשין - CNPCP ולניהול קרן העונשין הלאומית - FUNPEN. ה-DEPEN מחולק למנהלת ביצוע, נציב תלונות ושלוש מנהלות, דהיינו: מועצה מנהלתית, מועצת מדיניות הכליאה, מועצת מערכת הכלא הפדרלית.
מערכת הכלא הפדרלית נוצרה בשנת 2006, במטרה לאכלס אסירים בסיכון גבוה, עם הקמה וניהול של בתי כלא ביטחוניים מרביים בשטח ברזיל. בתי הכלא הפדרליים של ברזיל, שכל אחד מהם מאכלס 208 אסירים, כוללים מעקב באמצעות ציוד המזהה סמים וחומרי נפץ על בגדי המבקרים, גלאי מתכות, מצלמות נסתרות וחיישני נוכחות. כל אסיר מוחזק בתאים בודדים ומפוקח 24 שעות ביממה על ידי מעגל מצלמה בזמן אמת.
ישנם חמישה בתי כלא פדרליים: