הסרט נפתח ביפן העתיקה של המאה ה-17, שם המתנקש הסיני בי-האן רוצח את משפחתו של הנזו הסאשי, לוחםנינג'ה דגול ואחד מאלופי כדור הארץ. הסאשי מביס את משרתיו של בי-האן באמצעות קונאי אך בי-האן הורג אותו. הסאשי מת ונשלח לממלכת השאול ונשבע לנקום בבי-האן. אחרי הקרב מופיע אל הרעם ומגן ממלכת כדור הארץ, ריידן, ומציל את בתו הקטנה של הסאשי, ששרדה את הטבח.
בימינו אנו, בקרוב עתיד להתקיים טורניר מורטל קומבט. בתשעת הטורנירים הקודמים ניצחו אלופי ממלכת העולם החיצון, ואם ינצחו גם בטורניר זה, יוכל שאו קאהן, קיסר ממלכת העולם החיצון, לפלוש לממלכת כדור הארץ ולכבוש אותו. נבואה עתיקה אומרת שצאצא לשושלת של הנזו הסאשי יאחד את אלופי ממלכת כדור הארץ וימנע מאלופי ממלכת העולם החיצון לנצח בו. הנבואה מגיע גם לאוזני שאו קאהן, ששולח את משרתו שאנג טסונג לחסל את צאצאי הסאשי ואת אלופי ממלכת כדור הארץ כדי למנוע מהנבואה להתגשם.
בימינו אנו, קול יאנג הוא איש משפחה ולוחם MMA שנמצא בתקופה רעה בקריירה. אחרי הפסד, חייל בכוחות המיוחדים בשם ג'קס בריגס שואל את קול לגבי סימן של דרקון הצרוב על חזהו. מאוחר יותר סאב זירו (בי-האן) מנסה להתנקש בקול ומשפחתו, אך ג'קס מציל אותם ונלחם מול סאב זירו בשעה שהם בורחים. סאב זירו מקפיא וכורת את זרועותיו של ג'קס ומשאיר אותו פצוע אנושות. קול מגיע לביתה של חיילת של בריגס, בשם סוניה בלייד. סוניה מספרת לו שהסימן על חזהו קשור לטורניר אמנויות לחימה בשם "מורטל קומבט", שיקבע את עתיד כדור הארץ. בביתה נמצא קשור קיינו, פושע גס רוח בסינדיקט הדרקון השחור, שגם לו יש את סימן הדרקון.
שאנג טסונג, מכשף רשע בשירות שאו קאהן, שולח את רפטייל לחסלם, אך הוא נהרג בידי קיינו. סוניה משלמת לקיינו שיוביל אותם למקדש של ריידן, במטרה לקבל תשובות. אחרי שהם מגיעים בטיסה למדבר שבו נמצא המקדש הם פוגשים בלו קאנג, נזיר שאולין ואמן לחימה שאומן על ידי ריידן. הוא לוקח אותם למקדש ושם ריידן מסביר להם על טורניר מורטל קומבט ומגלה לקול שהוא נצר לשושלת של הנזו הסאשי, ושממנו הוא ירש את הסימן. במקדש הם מוצאים את ג'קס מקבל טיפול רפואי עם זרועות ביוניות שהושתלו על גדמי זרועותיו. אליהם מצטרף לוחם קונג פו בשם קונג לאו. ריידן מאמן אותם ומסביר להם שבכל לוחם נבחר עם סימן הדרקון חבוי כוח מיוחד הנקרא "ארקנה" ושהוא מתגלה במצב לחץ אינטנסיבי ושעל כל לוחם לגלות את הארקנה שלו. לו קאנג שולט באש ואילו קונג לאו שולט בכובע חד כתער המשמש כמסור. קול נכשל באימוניו ומגורש על ידי ריידן המאוכזב. קיינו מגלה את הארקנה שלו, יריית לייזר מעינו.
קאבאל, פושע ושותף לשעבר של קיינו, משחד את קיינו לאפשר למתנקשים של שאנג טסונג גישה למקדש, ואלה תוקפים את הלוחמים. קונג לאו מחסל את ניטרה אך נהרג בידי שאנג טסונג. בינתיים, גורו נשלח להתנקש בקול ומשפחתו, אך קול מצליח להרוג אותו באמצעות הארקנה שלו: חליפת שריון וכלי נשק המשלבים אלות אמה וסכינים. ריידן מתרצה ומקבל בחזרה את קול והם מחליטים לנקוט באסטרטגיית הפרד ומשול כדי להביס את המתנקשים של שאנג טסונג. ריידן נותן לקול את הקונאי של הנזו הסאשי ואומר לו שאם ישחרר את הסאשי הוא יילחם לצידו.
לו קאנג מחסל את קאבאל, ג'קס מציל את סוניה ומחסל את רייקו תוך שדרוג זרועותיו באמצעות הארקנה, סוניה בלייד מחסלת את קיינו ולוקחת ממנו את סימן הדרקון ולאחר מכן מחסלת את מילינה, שנלחמת בקול, באמצעות הארקנה שלה: יריית מטח עיגולי אנרגיה ורודים.
סאב-זירו חוטף את משפחתו של קול, מקפיא אותם ומפתה את קול להילחם מולו. הוא מביס את קול ומתכונן להרוג אותו, אך קול - באמצעות דימום עצמי על להב הקונאי המקורי של הנזו הסאשי - מזמן את רוחו של הסאשי, עתה סמוראירפאים בשם סקורפיון. סקורפיון מציל את קול ושניהם נלחמים בסאב-זירו ומביסים אותו. סקורפיון יורה על סאב-זירו את צלצל הקונאי ואז שורף אותו למוות, בדומה למהלך הסיום שלו ממשחקי הווידאו. הוא מפשיר את משפחתו של קול, מבקש ממנו שיידאג לצאצאיו ונפרד ממנו.
ריידן, לו קאנג, סוניה וג'קס חוגגים את הניצחון ומתחילים בחיפוש אחר אלופים נוספים, כאשר קול הולך להוליווד לגייס את כוכב הקולנוע ואמנויות הלחימה ג'וני קייג'.
