אחד המגעים הראשונים בין הקרואטים לגרמנים (האימפריה הפרנקית) הוזכרו על ידי גוטשלק מאורביז, בתיאור של מלך קרואטיה המלך טרפימיר הראשון במאה ה-9. באותו זמן, הייתה מלחמה בין הפרנקים לבין הקרואטים. בשנת 838דוכס בוואריה, מאוחר יותר המלך לודוויג הגרמני שלח חיילים נגד דוכס קרואטיה ראטימיר, אולם הלה התנגד בהצלחה למתקפה.
בסוף המלחמה, מספר גדול של הגרמנים של הדנובה נסוגו יחד עם הצבא הגרמני, ואלה שנשארו היו נתונים תחת דיכוי של היוגוסלביות אשר ניצחו במלחמה, כחלק מהרדיפה של הגרמנים שבוצעה בכל רחבי אירופה על ידי בעלות הברית.
בשנת 1955SFR יוגוסלביה וגרמניה המערבית ניתקו את היחסים הדיפלומטיים, בעקבות דוקטרינת הלשטיין הגרמנית, לאחר שיוגוסלביה הכירה בגרמניה המזרחית. בשנת 1968 שוב כוננו יחסים דיפלומטיים בין המדינות, ובאותה שנה חתמו השתיים על הסכם כוח העבודה, אשר אפשר למספר גדול של קרואטים להגר בגרמניה ככוח עבודה. כמו כן, מספר גדול של תיירים גרמנים החלו מגיעים לחופשה על החוף הקרואטי, ומסורת זו נשמרת עד עצם היום הזה.
גרמניה מילאה תפקיד חשוב בשנת 1991, במהלך מלחמת העצמאות של קרואטיה, במאבק על ההכרה ברפובליקה של קרואטיה שזה עתה הוקמה, ובעצירת האלימות המתמשכת נגד הסרבים. הלמוט קוהל ביקש ב-4 בספטמבר1991 מהבונדסטאג הכרה מיידית בקרואטיה, ובעקבות כך נתחה על גרמניה ביקורת, בעיקר מבריטניה, צרפת והולנד, שטענו שהכרה בקרואטיה תחריף את המצב. דברים אלה נדחו על ידי שר החוץ הגרמני, הנס-דיטריך גנשר, שטען שההכרה נעשתה בתיאום עם השותפים באיחוד האירופי. ללא קשר להצהרות שניתנו על ידי שלוש המדינות הללו, כולם הסכימו לנקוט גישה משותפת ולמנוע פעולות חד צדדיות. ב-10 באוקטובר1991, יומיים לאחר שהפרלמנט הקרואטי אישר את הכרזת העצמאות, החליטה ועדת הבחירות האירופית לדחות כל החלטה להכיר בקרואטיה למשך חודשיים. שר החוץ הגרמני הנס דיטריך גנשר כתב מאוחר יותר כי ה-EEC החליט להכיר בעצמאותה של קרואטיה בעוד חודשיים אם המלחמה לא תסתיים עד אז. עם תום המועד, הציגה גרמניה את החלטתה להכיר בקרואטיה כ"מדיניותה וחובתה". העמדה הגרמנית נתמכה במלואה על ידי איטליה ודנמרק, בעוד צרפת ובריטניה ניסו למנוע את ההכרה הגרמנית על ידי ניסוח החלטה של האו"ם, שביקשה כי אף מדינה לא תנקוט בפעולות חד-צדדיות העלולות לגרום להידרדרות המצב ביוגוסלביה. בסופו של דבר, צרפת ובריטניה נסוגו במהלך הדיון במועצת הביטחון בנושא ב-14 בדצמבר, כאשר גרמניה נראתה נחושה בדעתה להפר את החלטת האו"ם. ב-17 בדצמבר 1991 הסכימה EEC באופן רשמי להעניק לקרואטיה הכרה דיפלומטית ב-15 בינואר1992 על בסיס בקשתה ודעה חיובית של ועדת באדינטר. איסלנד וגרמניה הכירו בקרואטיה ב-19 בדצמבר1991, והיו המדינות המערב-אירופאיות הראשונות לעשות זאת.[5][6][7][8] בנוסף, גרמניה שלחה כמות גדולה מאוד של סיוע הומניטרי לקרואטיה במהלך המלחמה, וגם קיבל מספר גדול של פליטים קרואטים.[9]
^Nazi Germany: The Face of Tyranny, Ted Gottfried, page 82
^Gabriella Schubert: Das deutsche Theater in Esseg. Aufgerufen am 31. Dezember 2011
^"Date of Recognition and Establishment of Diplomatic Relation". Ministry of Foreign Affairs and European Integration (Croatia). Retrieved 18 December 2011.
^Kraljević, Egon (November 2007). "Prilog za povijest uprave: Komisija za razgraničenje pri Predsjedništvu Vlade Narodne Republike Hrvatske 1945.-1946" [Contribution to the history of public administration: commission for the boundary demarcation at the government's presidency of the People's Republic of Croatia, 1945–1946] (PDF). Arhivski vjesnik (in Croatian) (Croatian State Archives) 50 (50): 121–130. ISSN 0570-9008. Retrieved 20 June 2012.
^Lukač, Morana (2013). Germany's Recognition of Croatia and Slovenia: Portrayal of the events in the British and the US press. Saarbrücken: AV Akademikerverlag. ISBN 978-3639468175
^Pellet, Allain (1992). "The Opinions of the Badinter Arbitration Committee: A Second Breath for the Self-Determination of Peoples" (PDF). European Journal of International Law 3 (1): 178–185.
.jpg)
