יוהאן הראשון, דוכס בוואריה (בגרמנית: Johann I. von Bayern; 29 בנובמבר 1329 - 21 בדצמבר 1340), היה דוכס בוואריה-התחתונה בין השנים 1339–1340.
יוהאן נולד ב-29 בנובמבר 1329, להיינריך הארבעה עשר, דוכס בוואריה ולמרגרט מבוהמיה, דוכסית בוואריה, בתם של יוהאן, מלך בוהמיה ואליזבת מבוהמיה. בצעירותו התחתן יוהאן עם אנה מבוואריה, בתם של לודוויג הרביעי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה ובאטריצ'ה משוויידניץ.
בשנת 1339 מת אביו היינריך הארבעה עשר, דוכס בוואריה, ויוהאן עלה לשלטון במקומו. ב-21 בדצמבר 1340 מת יוהאן במפתיע, ומכיוון שלא היו לו יורשים ירש את נחלותיו לודוויג הרביעי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, ובכך איחד שוב את דוכסות בוואריה.