הודעה שפורסמה בעיתון על ידי ההורים, שהם למעשה מייסדי העמותה
במדינת ישראל של שנות ה-80 הייתה פעילות של עמותות חרדיות ודתיות והתגברה תופעת החזרה בתשובה בקרב הציבור החילוני. בסוף שנת 1985 החלו מספר הורים לצעירים שחזרו בתשובה להתארגן כקבוצה ולאתר אנשים נוספים כמוהם. בחודש מאי 1986 הקימה הקבוצה עמותה בשם "נפגעי החזרה בתשובה".
העמותה פעלה נגד "הפעילות המיסיונרית-יהודית בבתי הספר ובבסיסי צה"ל" ופעילות זו הוצאה מחוץ לחוק.[1] בשנת 1987 שינתה העמותה את שמה ל"ע.ל.ה. - עמותה למניעת ההשתלטות החרדית" ועסקה בנושאים נוספים, כגון מניעת כפייה דתית ומניעת מצב של מדינת הלכה בישראל.
בשנת 1998 השתלבה העמותה עם אתר חופש, ושינתה את שמה ל"ע.ל.ה - חופש". מאז, פעילות העמותה התנהלה במקביל ברשת ומחוץ לה. אתר חופש הוקם בנובמבר 1997 ומופעל בהתנדבות.[2]
בספטמבר 2004 שינתה העמותה את שמה ל"חופש - עמותה לחופש מדת".
ביולי 2016 הגישה העמותה, יחד עם שורה של עותרים נוספים, עתירה לבג"ץ שדרשה משר התחבורה ישראל כץ ומשרד התחבורה לשקול להפעיל תחבורה ציבורית בשבת, זאת נוכח סירובם להפעיל תחבורה ציבורית בשבת.[3][4]
