התאחדות הכדורגל של אסטוניה (באסטונית: Eesti Jalgpalli Liit, ר"ת: EJL) היא הגוף המנהל את כל פעילות הכדורגל הכולל את הליגות הסדירות, משחקי הגביע האסטוני ופעילות הנבחרת הלאומית. בנוסף, אחראית ההתאחדות על הפעילות בענפי הקטרגל וכדורגל החופים.
ההתאחדות נוסדה בשנת 1921 ושנתיים לאחר מכן הצטרפה לפיפ"א. לאחר כיבוש המדינה על ידי ברית המועצות בשנת 1940 פורקה ההתאחדות. היא שבה ונוסדה מחדש בשנת 1992, לאחר שהמדינה קיבלה עצמאות. באותה שנה הצטרפה לאופ"א.