הקרן נוסדה בחודש אוקטובר 1988. היא הוקמה לצורך ביצוע עבודות פיתוח, שימור ואחזקה של הכותל המערבי, ניהול החפירות במנהרות הכותל, פיתוח ותשתית, תצוגה של תערוכות והוצאת פרסומים בקשר לכותל.
בישיבת הממשלה ב-19 בדצמבר 2004, התקבלה החלטת ממשלה המרחיבה את תחומי אחריותה של הקרן גם לכל הנעשה ברחבת הכותל המערבי, כולל הנושאים הבאים:
מנהרות הכותל - מתוך 488 מ' שהם אורכו המלא של הכותל המערבי, חשופים ברחבת הכותל רק 57 מ'. רוב אורכו של הכותל המערבי כוסה עם השנים על ידי בתי הרובע המוסלמי הצמודים לכותל. מנהרות הכותל הן מערך חללים ומחילות תת-קרקעיות מתקופות שונות לאורך תוואי הכותל המערבי, מתחת לבתי הרובע המוסלמי בעיר העתיקה בירושלים. במתחם מבנים מתקופת בית שני, מימי הביניים ומהעת החדשה. ציר הליכה אופקי מחבר את החללים והמחילות, מעניק למבקר חוויה של מסע לאורך ציר הזמן ההיסטורי, ונחשב לאחד מאתרי התיירות הפופולריים בישראל. האתר, כנקודת חיכוך רגישה מבחינה דתית בין אוכלוסייה מוסלמית ויהודית, הביא לא פעם לתסיסה, שהגדולה בהן הייתה מהומות מנהרת הכותל ב-1996. פרויקט חשיפת הכותל המערבי לכל אורכו לאחר מלחמת ששת הימים, במטרה לאפשר לכל יהודי לגשת אל הכותל ללא הפרעה וללא מכשול, היה יוזמה של משרד הדתות. כיום הפרויקט מופעל, מתוחזק ומפותח על ידי הקרן למורשת הכותל.[1]
מרכז שרשרת הדורות - הוא מוזיאון הנמצא ליד הכותל המערבי בירושלים. המרכז בנוי במספר חללים תת-קרקעיים, ובו מוצגת שרשרת הדורות של העם היהודי על שלל חוליותיה. באחד מן החדרים ניתן אף להיפגש עם שרידים ארכאולוגיים מימי הבית הראשון והבית השני. המבקרים עוברים דרך חוליותיה השונות של השרשרת המוצגות באמצעות פיסול בזכוכית, משחקי תאורה ושמע בטכנולוגיה מהמתקדמות בעולם.[2].
שער המוגרבים - (או שער הרמב"ם) הוא שער למתחם הר הבית, הנמצא בצדו הדרומי של הכותל המערבי. כיום, זהו השער היחיד משערי הר הבית דרכו נכנסים להר תיירים לא מוסלמים. השער כונה כך על שם שכונת המוגרבים, שנהרסה לאחר מלחמת ששת הימים בעבודות להרחבת רחבת הכותל המערבי. שיפוץ ושיקום הסוללה הופקד על הקרן.[3].
פרויקט 'בר מצווה בכותל' - הקרן למורשת הכותל המערבי מעמידה לרשות המשפחות העולות אל הכותל המערבי מערך מידע ותמיכה, המעניק למשפחה החוגגת את מלוא הכלים לאירוע בר מצווה בכותל. השירות ניתן ללא תשלום. במסגרת זו מסייע מדריך למשפחה החוגגת בכל הצדדים הארגוניים והתוכניים של קיום בר המצווה בכותל. מנהל מחלקת בר מצווה כיום הוא מר דניאל יום-טוב.
בית הליבה - בניין שיוקם מול הכותל לשימושיה של הקרן למורשת הכותל ויתנשא לגובה שתי קומות גבוהות (4.70 מ' כל אחת).[4] בקומת הקרקע תהיה מבואה, שלוש כיתות לימוד ואודיטוריום. בקומה העליונה יהיו משרדים, ספרייה, מרכז למידה בשטח 150 מ"ר וחדרי מערכות. הגג ייפתח לציבור כמרפסת תצפית, כשהגישה אליו תהיה מכיוון הרובע היהודי. מתחת למבנה ייפתח לציבור אתר ארכאולוגי, החושף קטע מהרחוב הרומי (שחלק אחר שלו כבר נחשף ופתוח לביקור סמוך לשער האשפות).[5]