ב-27 בספטמבר 1941 ריינהרד היידריך מונה לסגנו של הפרוטקטור נויראט והשתלט על השלטון בפועל. הפרוטקטור קונסטנטין פון נויראט, נותר ראש הפרוטקטורט, אך נשלח ל"חופשה" מכיוון שהיטלר, הימלר והיידריך חשו ש"ידו הרכה" כלפי הצ'כים עודדה את הרגש האנטי-גרמני ואת ההתנגדות לכיבוש. עם מינויו אמר היידריך לעוזריו: "אנו נגרמן את השרצים הצ'כים."
היידריך הגיע לפראג כדי לאכוף את המדיניות הנאצית, להילחם בהתנגדות למשטר הנאצי ולהמשיך לעמוד במכסות הייצור של המנועים והנשק בצ'כיה, שהיו חשובים ביותר למאמץ המלחמתי של גרמניה הנאצית. הוא השקיף על אזור הביצור הגרמני וגינה את "דקירת הגב" של ההתנגדות הצ'כית.
יישום המדיניות הגזעית של הנאציזם בצ'כיה
כדי לקדם את מטרותיו, הורה היידריך על סיווג גזעי של מי שיכול או לא יכול להיות גרמני. הוא הסביר: "הפיכת הזבל הצ'כי הזה לגרמנים חייבת לעבור לשיטות המבוססות על מחשבה גזעית." סקרי גזע, שנערכו בתואנה של מניעת שחפת, מצאו כי הצ'כים הם יותר נורדיים מאשר גרמנים סודטים, ממזרח פרוסים, מאוסטרים ובווארים רבים. תוצאות אלו נשמרו בסוד. בשנת 1940 היטלר הסכים שכמחצית מהאוכלוסייה הצ'כית מתאימים לגרמניזציה, בעוד ש"הטיפוסים המונגולים" ושכבת המשכילים הצ'כית לא מתאימים לגרמניזציה ויש "לשלול מכוחם, לחסלם ולהעבירם אל מחוץ מדינה בכל מיני שיטות."
על פי התוכנית הכללית, הנאצים התכוונו לעקור את האוכלוסייה הלא-גרמנית לסיביר, אבל בשל הצורך בעבודה הצ'כית למאמץ המלחמתי תוכנית זאת מעולם לא יושמה.
