מורגנטאו נולד במנהיים שבגרמניה בשנת 1856. הוא היה בנו של אלעזר (לזרוס) מורגנטאו, ממציאיהודי שהיגר לארצות הברית בשנת 1866 מהעיר לורש שבחבל הסן לאחר שעשה הון בגרמניה ממפעל לייצור סיגרים. הנרי סיים את לימודיו בבית הספר למשפטים של אוניברסיטת קולומביה ועשה את הונו בנכסי דלא-ניידי.
בנו, הנרי מורגנטאו (הבן), התפרסם מאוחר יותר כשר האוצר בממשלתו של פרנקלין דלאנו רוזוולט למשך פרק זמן שיא של אחת-עשרה שנים, והציע את תוכנית מורגנטאו לפירוק כוחה התעשייתי של גרמניה.
עושרו של מורגנטאו איפשר לו לתרום ביד רחבה למסע הבחירות של הנשיא וודרו וילסון בשנת 1912. הוא נתמנה למזכיר הכלכלי של המפלגה הדמוקרטית בשנת 1912 ושוב בשנת 1916. הוא מונה להיות שגריר ארצות הברית באימפריה העות'מאנית בשנים 1913 - 1916. הוא קיווה לזכות במשרת שר בממשלה, אך לא זכה בכך.
פעילותו בזמן מלחמת העולם הראשונה
לאחר פרוץ מלחמת העולם הראשונה הפכה השגרירות האמריקאית באיסטנבול לנציגות העקיפה של מדינות ההסכמה, שפינו את שגרירויותיהן עם פרוץ הלחימה. בנובמבר 1914 התריע מורגנטאו על המצב הקשה של היישוב היהודי בארץ ישראל (ארץ ישראל הייתה אז חלק מהאימפריה), התרעה שהביאה לסיוע של יהודי ארצות הברית (בין היתר של הבנקאי והנדבןיעקב שיף) והממשל האמריקאי, ששיפר את מצב היישוב בצורה משמעותית.
מורגנטאו פעל למען הצלת אנשים שונים ממדינות ההסכמה שהפכו לשבויים באימפריה העות'מאנית. לדוגמה בתחילת המלחמה נעצרו כל הסטודנטים הרוסים שלמדו באוניברסיטה האמריקאית בביירות, ביניהם מי שהפך לימים למדען שינה מפורסם, נתניאל קלייטמן. מורגנטאו פעל באופן אישי למען שחרורו וסייע להבריח אותו אל אוניית צי אמריקאית שלקחה אותו לניו יורק.[1]
מורגנטאו היה אחד המעטים שניסו לסייע לארמנים בזמן שהתחולל רצח העם שלהם במהלך מלחמת העולם הראשונה. הוא ניסה לצמצם את ממדי ההשמדה ולסייע לקורבנות.[2] בשנת 1915 דיווחים על "פרשת ואן" הגיעו אל מורגנטאו, מחלב ומוואן, והניעו אותו להעלות את הנושא באופן אישי עם שר המלחמה אנוור פאשה, ועם שר הפנים טלעת פאשה הוא ציטט לפניהם את עדויותיהם של פקידי הקונסוליה, אך הם טענו כי מדובר בגירושים כהכרחיים לניהול המלחמה בגלל שיתוף פעולה לכאורה בין הארמנים לבין הרוסים.
מורגנטאו סייע להקים את הוועדה האמריקנית לסיוע לארמניה ולסוריה (אנ') (הידועה גם כ"עזרה למזרח הקרוב"), שהוקמה ב-1915 מייד לאחר שהחלו הגרושים, והייתה ארגון צדקה שהוקם כדי לעזור בסבלם של עמי המזרח הקרוב. מברקיו של מורגנטאו על הטבח ההמוני בארמנים הביאו לתמיכה רבה בארגון. בשנתו הראשונה, דאג הארגון ל-132,000 יתומים ארמנים מטביליסי, ירוואן, איסטנבול, סיוואס, ביירות, דמשק וירושלים. ארגון סעד לפליטים במזרח התיכון עזר לתרום מעל 102 מיליון דולר לארמנים בזמן המלחמה ואחריה. בין 1915 ל-1930, חילק הארגון עזרה הומניטארית למקומות הפזורים במרחב גאוגרפי גדול, ובסופו של דבר הוציא יותר מפי עשרה מאומדנו המקורי ועזר לכ-2 מיליון פליטים.
כשפקודות הגירוש נחקקו, פקידים קונסולריים רבים דיווחו על מה שראו לשגריר מורגנטאו. בספר הזיכרונות שהשלים במהלך 1918 ("סיפורו של השגריר מורגנטאו"), כתב מורגנטאו: "כאשר השלטונות הטורקיים נתנו את הפקודות לגירושים הללו, הם פשוט נתנו תעודת פטירה לגזע שלם; הם הבינו זאת היטב, ובשיחותיהם עמי הם לא עשו שום ניסיון מיוחד להסתיר עובדה זו". הזיכרונות והדיווחים תיארו בצורה עזה את השיטות בהן השתמשו הכוחות העות'מאניים ותיעדו מקרים רבים של זוועות שבוצעו נגד המיעוט הנוצרי.
מורגנטאו כתב בספרו שהוא "משוכנע כי בכל ההיסטוריה של המין האנושי לא התרחש מאורע נורא כזה" ותיאר אותו כ"פשע הגדול ביותר בהיסטוריה המודרנית".[3]
לאחר המלחמה
לאחר תום המלחמה שימש מורגנטאו כיועץ לענייני מזרח אירופה והמזרח התיכון בועידת השלום בפריז, ואחר כך עבד עם גופים שפעלו לאחר המלחמה, כמו הוועדה שעסקה בסיוע למזרח התיכון והנציבות שהוקמה לשם יישוב הפליטים היוונים והצלב האדום האמריקאי. בשנת 1933 הוא היה הנציג האמריקאי לוועידת ז'נבה.
מורגנטאו פרסם מספר ספרים ובספריית הקונגרס נמצאים כ-30,000 מסמכים משלו.
1918 - "Ambassador Morgenthau's story" (סיפורו של השגריר מורגנטאו) - על רצח העם הארמני, בו הוא מספר על חוויותיו כשגריר במהלך תקופה זו בהיסטוריה הטורקית. זהו הבולט שבספריו.
1918 - "The Secrets of the Bosphorus" - עוסק באותה תקופה.
1919 - "The Morgenthau Report" (דו"ח מורגנטאו) - על התעללות ביהודים על ידי פולנים.
1925 - "All In a Lifetime"
1929 - "I was sent to Athens" - עוסק בעבודתו עם הפליטים היוונים.
1974 - "The Murder of a Nation"
המחלוקת על ארמניה
תפקידו ביחס להיסטוריה של רצח העם הארמני נמצא בפולמוס. חיבורו הראשון במערב בנושא היה "סיפורו של השגריר מורגנטאו", שעדיין משמש כמקור לדיון בדבר מעשי הזוועה של הטורקים כנגד הארמנים. עם זאת, נטען כי מורגנטאו בדה אירועים מסוימים מלבו (ולמעשה מעולם לא יצא מתחומי איסטנבול), ניפח בדרך כלל את האירועים שקרו, וסטה באופן משמעותי ממה שכתב ברשימותיו הפרטיות. נטען גם שהספר נכתב על ידי סופר צללים. הטקסט עצמו מפגין טינה ואיבה כלפי הטורקים, מה שנתפש לא אחת כראיה תומכת להאשמות.
הספר נכתב החל בסוף שנת 1917, והחל להופיע בעיתונים באמצע שנת 1918. נטען שהספר נכתב כדי לדחוף את ארצות הברית להשתתפות במלחמת העולם הראשונה, אך מהתאריכים עולה שאין זה כך, וכי הסיפורים פורסמו לאחר שארצות הברית כבר הצטרפה ללחימה. עם זאת, ישנן עדויות על כך שהספר נכתב למטרות תעמולה, ונועד לשכנע את המתנגדים המסורתיים בארצות הברית להתערבות במלחמות של מדינות זרות. אין בכך כדי להטיל ספק בתוכן, אלא כדי להצביע על תכליתו הפוליטית של הפרסום.