הרב יוסף רוזין - "הרוגוצ'ובר" תמך ברצונו של שפירא ללמוד רפואה ואף שכנע את הוריו לאפשר זאת ולסמוך עליו שישמור על המצוות וערכי היהדות. לאחר שהות קצרה בפרנקפורט הוא רכש בכוחות עצמו את הידע הכללי הדרוש כדי להתקבל ללימודי רפואה באוניברסיטת ציריך, שם למד בין השנים 1913–1919. עבודת הדוקטורט שלו באוניברסיטת ציריך ב-1920 הייתה בנושא יחסים בין אריתמה נודולרית ושחפת. הוא עבר התמחות של שנה במחלקה לרפואת עור בברסלאו, שלזיה, ושנתיים בהכשרה ברפואת עור באוניברסיטת ברסלאו תחת יוזף יאדאסון Jadassohn, רופא עור גרמני ידוע.
בתום הכשרתו עבר ד"ר שפירא לברלין והתמנה למנהל-משותף במכון לסקסולוגיה של מגנוס הירשפלד. בתחילה טיפל במחלות המועברות במגע מיני, ובהמשך בסוגיות של התפתחות מינית גברית (למשל אשכים טמירים) והפרעות בתפקוד המיני כולל אימפוטנציה ושפיכה מוקדמת. כחלק מעבודתו פיתח את התרופות Praehormon, Testifortan ו-Praejaculin. הוא היה הראשון שתיאר את ההשפעה ההורמונלית של בלוטת יותרת המוח על אשכים טמירים, טיפול הורמונלי שהוא הבסיס לטיפול המודרני באשך טמיר[1].
עם עליית היטלר לשלטון בינואר 1933, המכון לסקסולוגיה נפרץ ונבזז ולאחר מכן נסגר על ידי הנאצים. בהיותם אזרחים שווייצרים, ד"ר שפירא החליט לעבור עם משפחתו לציריך, שם הקים מרפאה פרטית שכללה טיפול בזוגות עם בעיות פוריות בגישות רפואיות ופסיכותרפיות כאחד. באותה תקופה ייסד את הסניף השווייצרי של תנועת המזרחי, תנועה ציונית דתית (גברת מרגרט רופין, המטפלת של ילדיו של ד"ר שפירא הייתה אחותו של ארתור רופין, שהיה מנהיג ציוני וכלכלן ידוע שעלה לישראל ב-1908).
ד"ר שפירא ומשפחתו עזבו את אירופה ב-1940 והיגרו לניו יורק, ארצות הברית. עם הגיעו לארצות הברית היה עליו לחזור על בחינות ההסמכה לרפואה. לאחר זמן הצליח לבסס קריירה חדשה כאנדרולוג. עיסוקו שגשג בין היתר בקהילה היהודית היות שסמכו עליו לטפל בחולים יהודים על פי ההלכה.
בשנת 1951 ד"ר שפירא ואשתו עלו לישראל וגרו בירושלים[2], שם עבד בבתי החולים הדסה ושערי צדק ובנוסף ניהל גם מרפאה פרטית. ד"ר שפירא היה מקור להתייעצות בשאלות של אתיקה רפואית והלכה (המשפט העברי).
ד"ר שפירא נפטר ב-31 בדצמבר1966 בירושלים, נקבר בהר המנוחות ועל מצבתו נכתב: 'הוא נותר תלמיד סלבודקה כל ימי חייו'[3].
חיים אישיים
שפירא התחתן עם תהילה לבית פויכטוונגר בשנת 1922. נולדו להם ארבעה ילדים בברלין – נעמי, חנה, רפאל, ורות.
בשנת 1970 בנו רפאל ומשפחתו עלו לישראל ומשפחות ילדיהם ונכדיהם גרים בישראל עד היום.
