מצרים משתרעת על פני אזורים בשתי יבשות: דרום-מערב אסיה וצפון אפריקה. גבולה הימי של מצרים משתרע לאורך יותר מ-2,900 ק"מ לחופי הים התיכון וים סוף על מפרציו. למצרים גבולות יבשתיים עם לוב במערב, רצועת עזה וישראל במזרח וסודאן בדרום. שטחה 1,001,449 קמ"ר, פי שניים משטחה של ספרד ופי ארבעה משטחה של הממלכה המאוחדת. המרחק האווירי המרבי בתוך גבולה של מצרים מצפון לדרום הוא 1,024 ק"מ, וממזרח למערב 1,240 ק"מ.
תצלום לוויין משנת 2003 בו נראית סופת חול ממדבריות לוב חולפת מעל מצרים בדרכה מזרחהעמק הנילוס, הדלתה וחצי האי סיני
רוב שטחה של מצרים הוא מדבר ורק חלק קטן משטחה מיושב או מעובד בעיבודים חקלאיים. מצרים שוכנת על רצועה מדברית המשתרעת החל מחוף האוקיינוס האטלנטי למזרחה, דרך יבשת אפריקה ועד דרום-מערב אסיה.
במצרים ארבעה אזורים פיזיים עיקריים:
אף ששטח עמק הנילוס והדלתה של הנהר מכסים רק כ-5.5% משטחה הכולל של המדינה, הם מהווים את מרכז הפעילות האנושית בה. אזורים אלה הם כמעט היחידים שניתן לעבד בעיבוד חקלאי ומתנובת אזורים אלה מתקיימים 99% מתושבי מצרים. אורך עמק הנילוס הוא כ-800 ק"מ מן העיר אסואן ועד לפאתי קהיר, והוא ידוע בשם מצרים עילית, בעוד שהדלתה של הנילוס ידועה בשם מצרים תחתית. מאז בניית סכר אסואן הופסקו ההצפות העונתיות, והחקלאות בעמק היא חקלאות שלחין. שטחי הדלתה הם אזורים שטוחים, חלק מהם אזורי ביצה שלא ניתן לעבדם.
עמק הנילוס והדלתה
עמק הנילוס הוא נווה המדבר הגדול בעולם, אשר נוצר על ידי אחד מן הנהרות הארוכים בעולם. ללא אותו נתיב שבו עובר נהר הנילוס לאורכה של מצרים, דרך מדבר סהרה, הייתה המדינה כולה הופכת לאזור מדברי. נתיבו של הנילוס צפונה, בתוכה של מצרים, נמשך לאורך כ-1,600 ק"מ. נהר הנילוס, לאחר שהתאחד עם שלושת מקורותיו העיקריים (הנילוס הלבן, הנילוס הכחול ונהר עטברה), נכנס לתחומי מצרים קילומטרים ספורים מצפון לוואדי חלפה, עיר בתחומי סודאן שהועתקה ממקומה לאחר השלמת סכר אסואן. סכר אסואן גרם לכך שכניסת מי הנהר לתחומי מצרים היא למעשה באגם, ולא בערוצו של נהר כבעבר. אגם נאצר הוא אגם מלאכותי אשר נוצר מדרום לסכר ומשתרע לאורך 320 ק"מ עד לגבולה הדרומי של מצרים, וממשיך 158 ק"מ בתחומה של סודאן. אגם נאצר ממלא היום אזור שבו נהר הנילוס היה זורם בקניון טבעי שנוצר כתוצאה מחתירת מי הנהר. מצפון לסכר אסואן נפתח העמק ורוחב השטחים שהוצפו בעבר במי הנהר מגיע לכדי 20 ק"מ. מצפון לאיסנה (הנמצאת כ-160 ק"מ מצפון לאסואן), הרמה משני עברי העמק מתרוממת עד לגובה של כ-550 מטר מעל פני הים. רמה זו יורדת בהדרגה בגובהה ובקינה (כ-90 ק"מ צפונה מאיסנה) מתרוממים צוקים של אבן גיר לגובה של כ-300 מטר ומטים את זרימת הנהר לדרום-מערב לאורך של כ-60 ק"מ בטרם הוא פונה לצפון-מערב לאורך כ-160 ק"מ עד אסיוט. צפונה מאסיוט נעלמים בהדרגה הצוקים הגובלים בנהר ורוחבו המרבי של העמק הוא 22 ק"מ.
בקהיר הנהר מתפשט ומתפצל לדלתה פורייה, דמוית מניפה, שנוצרה מסחף הנהר, אשר רוחבה המרבי סמוך לחוף הים הוא כ-250 ק"מ וקודקודה ביבשה נמצא כ-160 ק"מ דרומה. שטחה של הדלתה כ-22,000 קמ"ר (בדומה לשטחה של כל ישראל שבגבולות הקו הירוק). על פי תיעוד היסטורי מן המאה הראשונה לספירה, שבעה ענפים של נהר הנילוס חצו את הדלתה. במאה ה-12 לספירה נמנו רק שש התפצלויות של הנהר בדלתה. מאז, הודות לשינויים טבעיים של זרימת הנהר בגלל סתימת סחף, ועבודות הטיה, נותרו רק שתי התפצלויות של הנהר הזורמות לים: דמייטה הוא הפיצול המזרחי ואורכו כ-240 ק"מ, ורוזטה אורכו כ-235 ק"מ. שני ערוצים אלה קרויים על שם נמלים הנמצאים בשפכיהם לים. לאורכה ולרוחבה של הדלתה פרושה רשת של תעלות ניקוז והשקייה. בקצה הצפוני של הדלתה נמצאים בה ביצות מלוחות ואגמים.
פוריות האזורים הסמוכים לנהר הנילוס תלויה במידה רבה במשקעי סחף הטין שהנהר נושא עמו. טרם בניית סכר אסואן היה הנהר עולה על גדותיו ומציף שטחים גדולים לצידיו וזאת בהתאם למידת ספיקת הנהר במקורותיו. בניית סכרים על נהר הנילוס, ובמיוחד סכר אסואן, הפסיקו את מחזורי ההצפות העונתיות הללו והפכו את זרימת הנהר לערוץ השקיה בעל זרם צפוי וקבוע. היווצרות אגם נאצר מאפשרת להזרים לנהר כמויות מים בלתי משתנות, ללא תלות בכמויות המשקעים באגן הניקוז של הנהר, במרכז ובמזרח אפריקה. בניית הסכרים אף השפיעה על פוריות אדמות עמק נהר הנילוס. בטרם נבנה סכר אסואן נישאו על פי הערכות במי הנהר בתחומי קהיר כ-10.7 מיליון טון של חומר מוצק. היום חוסם סכר אסואן את זרימת רוב הסחף והוא שוקע באגם נאצר. הירידה החדה במשקעי הסחף גרמה לעליה בטבלת מי התהום בדלתה והגבירה את מליחות האדמה, את שחיקת גדות הנהר במצרים עילית, ואת שחיקת מניפת הסחף לחופי הים התיכון.
המדבר המערבי
המדבר המערבי משתרע על פני כ-700,000 קמ"ר, ומהווה כשני שלישים משטחה של מצרים. שטחו של המדבר המערבי, ממערב לעמק הנילוס, משתרע מן הים התיכון דרומה עד לגבול סודאן. רמת ג'ילף אל-כאביר, בגובה ממוצע של 1,000 מטר, יוצאת דופן בנופו הנמוך והשטוח של המדבר. ים החולות הגדול משתרע מנווה המדבר סיווה, כ-50 ק"מ מגבול לוב ועד לג'ילף אל-כאביר. אין במדבר המערבי ערוצי נחלים או נהרות הזורמים דרכו.
ממשלת מצרים רואה במדבר המערבי אזור ספר וחילקה אותו לשני מחוזות מינהליים, אשר גבולם על קו הרוחב 28 לערך. מחוז מטרוך בצפון ואזור אל-ואדי אל ג'דיד בדרום. במדבר המערבי שבעה שקעים גאולוגיים חשובים. בשישה מתוכם נווה מדבר. בשביעי, הגדול מכולם, שקע קטארה, המים מליחים. בשקע קטארה, אשר שטחו כ-15,000 קמ"ר, נמצאת הנקודה הנמוכה ביותר בשטח מצרים, 133 מטר מתחת לפני הים. רוב שטחו של שקע קטארה מכוסה בביצות מליחות, ואגמים מלוחים. מים מתוקים בשקעים אחרים מאפשרים גידולי חקלאות מוגבלים ויישובי קבע. בנווה המדבר סיווה, סמוך לגבול לוב וממערב לשקע קטארה, מתקיים מאז ימי קדם ישוב קבע, בבידוד משאר חלקי מצרים.
המדבר המזרחי
המאפיינים הטופוגרפיים של האזור שממזרח לעמק הנילוס שונים במידה ניכרת מאלה של המדבר המערבי. המדבר המזרחי הוא הררי ברובו ומשתרע על פני כ-220,000 קמ"ר. תחילתו ברמה חולית המתרוממת ממזרח לנילוס ולאחר כ-100 ק"מ הופכת לשרשרת הררית מצפון לדרום, החל מגבול סודאן ועד לדלתה של הנילוס. זהו אזור סלעי, יבש וחסר צמחייה. שרשרת הרים זו מגיעה עד לגובה של 1,900 מטר. את ההרים חוצים ואדיות עמוקים, מערבה לעבר הנילוס, אולם באלה זורמים מים רק לעיתים נדירות בגלל כמות המשקעים הנמוכה באזור.
המדבר המזרחי מבודד משאר חלקי מצרים. אין במדבר המזרחי נאות מדבר המאפשרים גידולים חקלאיים. להוציא מספר קטן של כפרים לחופי ים סוף, אין במדבר המזרחי יישובי קבע. חשיבותו העיקרית של המדבר המזרחי היא במשאבי הטבע הקיימים בו, בעיקר נפט. המדבר המזרחי שוכן בתחומי מחוז מינהלי אחד, מחוז אל-הורגדה שמרכזו בעיר המחוז הורגדה.
בדרום המדבר המזרחי נמצא משולש חלאיב, אזור במחלוקת בין מצרים וסודאן.
חצי האי סיני
שטחו של חצי האי סיני כ-61,100 קמ"ר. חלקו הדרומי של חצי האי הוא הררי, ולמעשה מהווה המשך גאולוגי להרי ים סוף, ברכס הרים זה בולט ג'בל קתרינה בגובה 2,642 מטר, הנקודה הגבוהה ביותר במצרים. חלקו הדרומי של חצי האי מתאפיין בצוקים חדים וברצועת חוף צרה לאורך מפרץ אילת. הגובה הממוצע באזור ההר הגבוה בדרום סיני הוא כ-1,000 מטר. ככל שמתקדמים צפונה יורדת הרמה בגובהה. צפון חצי האי מאופיין במישור חוף חולי, המשתרע מתעלת סואץ ועד לרצועת עזה וגבול ישראל.
לפני מלחמת ששת הימים הייתה סיני בתחומי של מחוז מינהלי בודד. לאחר השבת מלוא חצי האי סיני למצרים בשנת 1982, האזור חולק לשני אזורים מינהליים: צפון סיני ובה עיר המחוז אל עריש, ודרום סיני ובה עיר המחוז א-טור.
