מעט ידוע על מקורו של האקלר, אבל ידוע כי מקורו בצרפת של המאה ה-19. היסטוריוני מזון רבים סבורים כי האקלר הוכן לראשונה על ידי מארי-אנטואן קארם, שף מאפים מפורסם של בית המלוכה הצרפתי.
המתכון הנודע הראשון למאפה האקלר מופיע בספר Boston Cooking School Cook Book מאת ד.א לינקולן, שפורסם ב-1884.
פירוש המילה "אקלר" בצרפתית הוא ברק. מאמינים כי המאפה נקרא כך בגלל הצורה שבה הוא בוהק כשמצופה בזיגוג של קונדיטורים.
הסבר אפשרי נוסף, הוא שהשם מבוסס על המילה היוונית κολλύρα שפירושה היא עוגה.