החברה החלה לטוס בשנת 1979 בקו ברלין-פלמה דה מיורקה עם מטוס מדגם בואינג 707. במשך השנים, היה זה אחד הקווים העמוסים בחברה ובעקבות זאת, הקימה החברה בסיס בפלמה דה מיורקה.
לאחר האיחוד בשנת 1990 שינתה החברה את רישומה לרישום גרמני והחלה לטוס ליעדי נופש מעוד ערים גדולות בגרמניה. לקראת סוף שנות ה-90 החלה החברה לטוס ליעדים רבים ברחבי אירופה שהם לא יעדי נופש.
בשנת 2006 רכשה החברה את חברת התעופה גרמניה ובתחילת שנת 2007 קנתה החברה את חברת הצ'ארטרים הגרמנית LTU.
עקב קשיים כלכליים מתמשכים והפסקת תזרים מזומנים על ידי איתיחאד איירווייז[2], החלה אייר ברלין בהליכי חדלות פירעון ב-15 באוגוסט 2017[3] במטרה להגן על נכסי החברה מפני נושיה ולמצוא משקיעים שיקנו את החברה ויחזירו את חובותיה. עקב דיני חדלות הפירעון הכנסות החברה נשמרות בחשבון נאמנות, וכדי לאפשר לחברה תזרים מזומנים שוטף הלוותה לה ממשלת גרמניה 150 מיליון אירו כהלוואת גישור[4].
תאריך היעד להגשת ההצעות לרכישת החברה בטרם תוכרז כפושטת רגל נקבע ל-15 בספטמבר 2017. גופים רבים הביעו עניין ברכישה מלאה או חלקית של פעילות החברה ומטוסיה[5]. כדי לצמצם הפסדים ולהקל על מציאת רוכשים בוטלו קווים לטווח ארוך בהם מתח הרווחים מצומצם[6].
ב-9 באוקטובר הודיעה החברה על הפסקת כל טיסותיה לאחר התאריך 28 באוקטובר. היא הודיעה לכל אנשי צוותה שעליהם למצוא מקומות עבודה חלופיים[7]. בשלהי 2017 רכשה לופטהנזה את אייר ברלין תמורת 210 מיליון יורו[8].
פעילות החברה בישראל
החברה הפעילה שתי טיסות יומיות בקו נמל התעופה ברלין טגל לנמל התעופה בן-גוריון עד 27 באוקטובר 2017. הטיסות לברלין בוצעו במטוסי איירבוס a320. בעבר החברה ביצעה גם טיסות בקו קלן-תל אביב ומינכן-תל אביב.