החברה נוסדה בשנת 1947 בשם SACA-אייר אלג'יר. בשנת 1953 התאחדה החברה עם חברת קומפגני אייר טרנספורט תחת השם CGTA-אייר אלג'יר.
עם היפרדותה של אלג'יריה מצרפת בשנת 1962 הפכה החברה ל"אייר אלג'יר" במתכונתה הנוכחית.
החברה פתחה בטיסות סילוניות ראשונות בשנת 1960 עם מטוסי הקרוול שלה, אשר עם הזמן הוחלפו במטוסי בואינג, מדגמים 727 ומטוסי 737, שכיום מהווים את חוט השדרה של צי המטוסים של החברה.
כמו כן החברה חכרה מטוסי איירבוס עבור קוויה הבינלאומיים הפעילים יותר, לרבות קו אלג'יר-פריז, ואף רכשה מטוסי לוקהיד הרקולס דו-תכליתיים לנוסעים ומטען.
משנת 1963, נחשבת אייר אלג'יר לחברת התעופה הלאומית של אלג'יריה ומשנת 1973 החברה מצויה בבעלות ממשלתית מלאה.
תאונות
ב-6 במרץ2003, בשעה 15:15 לפי השעון המקומי, התרסקה טיסה 6289 של אייר אלג'יר, זמן קצר לאחר ההמראה מנמל התעופה של תאמאנראסט, 96 נוסעים ו-6 אנשי צוות נהרגו, ורק נוסע אחד שרד את ההתרסקות.[1]