מלחמת איראן–עיראק בתחילת שנות ה-80 החלישה את פעילות החברה עד למינימום. לאחר פלישת עיראק לכווית בשנת 1990, הטילה קואליציית המדינות סנקציות כבדות על עיראק שבשליטת סדאם חוסיין, דבר שהוביל לקרקוע מטוסיה של עיראקי איירווייז. באותה שנה היו ברשות החברה 17 מטוסים שהועברו למקומות מסתור, בעיקר בירדן.
לאחר מלחמת המפרץ הראשונה הורשתה החברה להמשיך בפעילות מצומצמת, ובינואר 1992 החלה לטוס בקו בגדאד - בצרה. פעילות זו לא נמשכה זמן רב, כי לאחר זמן קצר הכריזה קואליציית המדינות על שמי עיראק כאזור אסור לטיסה. לאחר מכן החברה למעשה נסגרה.
מלחמת המפרץ השנייה, שפרצה בשנת 2003 והובילה לנפילת משטרו של סדאם חוסיין, הביאה להסרת רוב הסנקציות שהוטלו על עיראק. בעקבות כך הוחלט כי עיראקי איירווייז תחדש את פעילותה במסגרת חדשה. כל הזכויות על שם החברה ומטוסיה הועברו לחברה חדשה, "אייר עיראק קומפני", שתפקידה היה לשקם את החברה ולמעשה לבנותה מחדש. פעילות החברה חודשה ב-3 באוקטובר 2004 והטיסה הראשונה אז הייתה מבגדאד לעמאן. ביוני 2005 ביצעה החברה את טיסת הפנים הראשונה בין בגדאד לבצרה, ובנובמבר אותה שנה ביצעה לראשונה זה 25 שנה טיסה בין בגדאד לטהראן.