חטיבת יהודה ושומרון הוקמה ב-4 בנובמבר 1981, כאשר הממשל הצבאי הישראלי בשטחים, שהיה אמון הן על ההיבט הביטחוני והן על הטיפול באוכלוסייה האזרחית, פוצל בהוראת שר הביטחון. הוקם המנהל האזרחי שאחריותו לדאוג לצרכיה האזרחיים של האוכלוסייה הפלסטינית שבשליטת ישראל. המושלים הצבאיים בכל נפה הפכו לקציני המנהל האזרחי, סמכויותיהם צומצמו והם איבדו את השליטה על הנושא הביטחוני. במקביל, הוקמו שלושה מרחבים: יהודה, בנימין ושומרון, שמפקדיהם, קצין בדרגת סגן אלוף, עוסקים בביטחון שוטף וכפופים למפקד יהודה ושומרון בדרגת אלוף-משנה[1].
בין השנים 1993 ל-1997 הועלה תקן המפקד, והאוגדה הייתה בפיקוד אלוף שאול מופז ואחר כך אלוף גבי אופיר[4]. בעקבות אירועי מנהרת הכותל ב-1996 הוחלט בצה"ל להכין את האוגדה לאפשרות של עימות צבאי עם הרשות הפלסטינית וכוחות הביטחון שלה. למשימה זו התמנה באופן חריג לכהונה שנייה כמפקדה של האוגדה תא"ל גבי אופיר שקודם במהלך התפקיד לדרגת אלוף. תחת פיקודה הוקמו חטיבות מרחביות וגדודי חי"ר ייעודי תחת פיקודם[5] (לאחר מכן אוגדו הגדודים במסגרת חטיבת כפיר).
ב-2003 מוזגה אליה אוגדת המילואים אוגדת יהודה, שהייתה אחראית על הביטחון השוטף באזור יהודה שמעבר לקו הירוק.
במהלך העשור הראשון של המאה ה-21 הפכה האוגדה גם לאוגדת מילואים, ובמסגרתה פועלים מספר גדודי מילואים המיועדים בחירום להחלפת גדודים סדירים המוצבים באיו"ש ונדרשים ללחימה בגזרות אחרות. הגדודים פועלים תחת פיקוד החטיבות המרחביות, ומוזנים בעיקר על בסיס משוחררי חטיבת כפיר[6].
האוגדה משמשת כמפקדת כוחות צה"ל בגזרת יהודה ושומרון, וכתוצאה מכך נמצאת בלחימה שוטפת אל מול פעילויות והתארגנויות טרור מאזור יהודה ושומרון, או מחבלים היוצאים מאזור זה לתחומי הקו הירוק.
תפקידי האוגדה כוללים: שמירה על יציבות ביטחונית, אבטחת צירי תנועה, הגנה על ישראלים ושמירת חוק וסדר. במסגרת תפקידה, חייליה לעיתים נקלעים לעימותים עם פעילים פוליטיים, מתנחלים ואוכלוסייה אזרחית פלסטינית.
האוגדה מבצעת מבצעים שונים ומעצרים של חשודים על בסיס יומי.
.png){kind=small}
