בלר נולד ב-1912 בגרודזינסקי שבפולין. למד רפואה בווינה ובמקביל מדעי היהדות בבית מדרש לרבנים. סיים את לימודיו עם פלישת הנאצים לאוסטריה.[2] כיהודי ציוני עלה לארץ-ישראל בשנת 1939, את משפחתו הותיר בפולין ורובה הושמדה בשואה. נשא לאישה את אסיה בת ניסן ופרומה אהרונוביץ, ונולדו להם בן ובת. בשנים 1940–1942 עבד בבית החולים על שם שוויצר בטבריה. יצא לארצות הברית להתמחות בנוירוכירורגיה. המחלקה הנוירוכירורגית נוסדה בהדסה, בשנת 1941 על ידי הד"ר הנרי ויגדורסון והייתה היחידה בארץ ישראל.[3]
בלר הכשיר דור של נוירוכירורגים, שהתמנו למנהלי מחלקות ברחבי ישראל, ביניהם הפרופ' עלי פייזר. הנחיל לתלמידיו: אהבת החולה, מסירות, צניעות, הגינות ויושר אישי.[8]
במלחמת ההתשה ניתח והציל ממוות את שאול ויצמן, בנו של האלוף עזר ויצמן, שהוטס מזירת תעלת סואץ, מחוסר הכרה, סובל מפגיעת ראש כתוצאה מקליע שירה צלף מצרי.[9]
נפטר ב־1996. בלר נקבר בבית העלמין הר תמיר, בגבעת שאול.
בנו הוא פרופ' עוזי בלר, מנהל אגף נשים ויולדות במרכז שערי-צדק וחבר ילדות של ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו. 78 שנים לאחר שאביו הפרופ' בלר ברח מאוסטריה בזמן השואה, ועד החברה לגינקולוגיה אונקולוגית של אוסטריה AGO- Austria העניק לפרופ' עוזי בלר, אות הוקרה ע"ש הגינקולוג האוסטרי פרופ' ארנסט וורטהיים. הפרס ותעודת ההוקרה הוענקו בנוכחות 500 רופאים בכנס השנתי של החברה האוסטרית בזלצבורג, אוסטריה.[2][11]
דין וחשבון ביניים על הפעילות של המחלקות לנתוחי מח בבתי החולים בישראל, מאת חיים שלום הלוי, אהרון יהודה בלר, משרד הבריאות, ירושלים, תש"ל, 1970.
אשפוז נוירוכירורגי בישראל סקר המחלקות הנוירוכירורגיות בשנים 1966 ו-1968, מאת ח"ש הלוי, אהרון בלר וצבי כוכבי, משרד הבריאות, היחידה לכלכלה רפואית וסטטיסטיקה, ישראל, תשל"ב, 1972.
ספר על אהרון בלר
אהרון בלר 1996-1912, עריכה: אלעד מרגל, הוצאת דוקוסטורי, רעננה, 2013.
לקריאה נוספת
פרופ' נסים לוי, יעל לוי, "רופאיה של ארץ-ישראל 1948-1799", איתי בחור - הוצאה לאור, מהדורה שנייה, מרץ 2012, ערך : בלר, אהרון יהודה פרופ', עמודים 122–123.
^יהושע בן אריה, (עורך), "ירושלים בתקופת המנדט - העשיה והמורשת", פרופ' שמואל ניסן (קצנלסון), "התפתחות שירות הרפואה בירושלים בתקופת השלטון הבריטי", פרק: "התפתחות שירותי הרפואה בארץ", פרק משנה: "עליית הרופאים מגרמניה ואוסטריה", עמוד 303, הוצאת יד בן צבי, משכנות שאננים, 2003
^11 ביוני 2016 - "בשנת 1944 לקחו אותי לסיור ליד הכותל, שהרחבה שלו הייתה צרה ביותר, עם אמי, אבי ד”ר ישראל מרגלית ודודי הפרופ' אהרון בלר", מאת תמר פרלשטיין, סל תרבות : הספרים שדן מרגלית קורא שוב ושוב