Dream Theater החלה לעבוד על האלבום באוקטובר 2008. מייק פורטנוי תיאר את Black Clouds & Silver Linings כאלבום דרים תיאטר עם "A Change of Seasons", "Octavarium", "Learning to Live", "Pull Me Under", ו-"The Glass Prison", והכול באלבום אחד.
נושאי השירים
חמישה מתוך 6 השירים שבאלבום מספרים על אירועים שקרו בחייהם האישיים של חברי הלהקה ג'ון פטרוצ'י ומייק פורטנוי.
A Nightmare to Remember - נכתב על ידי פטרוצ'י. מספר על תאונת דרכים בה הייתה מעורבת משפחתו כשהיה ילד ועל הקושי הרב של משפחתו לחזור לשגרה אחרי התאונה.
A Rite of Passage - נכתב על ידי פטרוצ'י ומספר על אגודת הבונים החופשיים. זהו השיר היחיד באלבום שאינו קשור לאירועים אישיים של חברי הלהקה.
Wither - נכתב על ידי פטרוצ'י. בשיר הוא מתאר את התהליך אותו עובר האומן בזמן כתיבת שיר.
The Shattered Fortress - נכתב על ידי מייק פורטנוי. שיר זה הוא החמישי והאחרון, הסוגר את סיפור 12 השלבים של הגמילה מאלכוהול אותה עבר פורטנוי.
The Count of Tuscany - נכתב על ידי פטרוצ'י. מתאר אירוע שקרה במהלך סיבוב ההופעות האירופאי של האלבום Train of Thought, בחופשה בין הופעות באיטליה. פטרוצ'י וטכנאי הגיטרות של הלהקה נלקחו לסיור באחוזתו של הרוזן ניקוליו קאפוני בטוסקנה. ניקוליו הוא ההיסטוריון המזוקן שמשפחתו מנהלת יקב יינות עתיק כמתואר בשיר.
The Best of Times - נכתב על ידי מייק פורטנוי. שיר זה הוא שיר הוקרה שנכתב לזכרו של הווארד פורטנוי, אביו של מייק, שנפטר ממחלת הסרטן בזמן כתיבת האלבום. השיר הוא הבודדים אותו הלהקה מעולם לא מנגנת בהופעות.
.svg){kind=logo}
