לאחר שחזר מרוסיה, הוצב במטה הקורפוס ה-6. מ-1883 עד 1887 הוא פיקד על רגימנט הרגלים ה-106, ובתקופה זו התיידד עם הגנרל ז'וזף דה מיריבל. ב-1890 מונה מיריבל לראש המטה הכללי, ומינה את בואדפר לסגנו. נטען שבואדפר השיג את המינוי רק תודות לקשריו עם מיריבל, והוא כונה בידי אחד מעמיתיו: "נוכל ממולח אך דגיג עצלן, אשר ניהל את הדברים בצורה חובבנית".[2] במהלך תקופה זו, פעל בואדפר לשיפור היחסים בין צרפת לרוסיה. באותה שנה הוזמן בואדפר בידי אלכסנדר השלישי, קיסר רוסיה כדי לייצג את צרפת בתמרונים הגדולים של צבא האימפריה הרוסית. הזמנה זו נועדה להתריס בפני וילהלם השני, קיסר גרמניה אשר סירב לחדש את ברית ביטוח המשנה. תודות ליוזמותיו של בואדפר, ב-1892 נחתמה הברית הצרפתית-רוסית, אשר גרמה להפסקת העוינות ההדדית בין רוסיה לצרפת אשר שררה מאז פלישת נפוליאון לרוסיה ב-1812. ברית זו הוציאה את צרפת מהבידוד הפוליטי שבו הייתה שרויה מאז תבוסתה ב-1870, ובדיעבד גרמה גם להחלשת תנועות קיצוניות כמו הבולנז'יסטים, אשר מצען העיקרי הייתה הסיסמה להוציא את צרפת מבידודה.[3] הוא פיקד על הדיוויזיה ה-10, ולאחר מכן במשך ימים בודדים פיקד על הדיוויזיה ה-9, לפני שמותו הפתאומי של מיריבל ב-28 בספטמבר1893 אפשר לו להתמנות לראש המטה הכללי. ב-1896 הוא נכח בהכתרתו של ניקולאי השני כקיסר רוסיה, ויזם את ביקור הקיסר בצרפת באוקטובר של אותה שנה. ביוזמתו הוכנסו לשימוש אופניים בצבא.
בואדפר ציין לשבח את הקפטן היהודיאלפרד דרייפוס אשר שרת במטה הכללי,[4] ובאחת הפעמים אף הסתודד עמו זמן ארוך בעת אחד התמרונים.[5] ב-1894 טען ז'אן סאנדהר - מפקד המשרד הסטטיסטי ("המשרד השני"), שחשף מרגל במטכ"ל הצרפתי. ההאשמה הוטלה על דרייפוס, אף על פי שהראיות נגדו היו קלושות. לאחר משפט מוטה מראש, דרייפוס נשלח למאסר עולם באי השדים. ב-1 ביולי1895 קיבל ז'ורז' פיקאר את הפיקוד על המשרד הסטטיסטי, אשר טיפל בתיק של דרייפוס. פיקאר נדהם לגלות את דלות הראיות כנגד דרייפוס, ולעומת זאת עלה על המרגל האמיתי - פרדיננד אסטרהאזי. פיקאר הראה את הממצאים לבואדפר, אשר הפנה אותו אל סגנו שארל-ארתור גונז. גונז, בעצה אחת עם בואדפר ועם שר ההגנה ז'אן-בטיסט ביו, הורה לפיקאר לגנוז את הממצאים.[6] בהמשך נשלח פיקאר לתפקיד נידח בתוניסיה כדי להבטיח את שתיקתו.
בסופו של דבר התפוצצה הפרשייה, וב-13 בינואר1898 פרסם אמיל זולא את מאמרו המפורסם "אני מאשים...!", אשר בו האשים את בואדפר "בשותפות לפשע... מתוך קנאות קלריקלית". המעשה הוביל למשפט כנגד זולא על הוצאת דיבה. זולא ניסה במהלך המשפט לקרוא לקצינים לבוא ולהעיד, אך בואדפר הוציא הוראה מפורשת לכל הקצינים "לא לענות".[7] במהלך המשפט הופיע בואדפר במדים מלאים בבית המשפט, ואישר את קיומו של מסמך סודי המרשיע את דרייפוס. הוא אף רמז שאם זולא יזוכה, יתפטר הפיקוד העליון: "אתם חבר המושבעים, את האומה. אם האומה אין לה אמון בראשי הצבא שלה, באלה הנושאים באחריות להגנה הלאומית, הרי הם מוכנים להניח את הנטל הכבד הזה לאחרים. אין לכם אלא להשמיע את דברכם".[8] עם זאת, התביעה כולה התנפצה ב-30 באוגוסט, כאשר אובר-ז'וזף אנרי, אשר עדות השקר שלו שימשה להפללתו של דרייפוס מלכתחילה, הודה שהמסמך הסודי אינו אלא זיוף. השערורייה שנגרמה בעקבות כך, אילצה את בואדפר להתפטר ב-2 בספטמבר.
אחריתו
בואדפר פרש מהחיים הציבוריים, פרט לפגישות מזדמנות עם פקידים רוסיים. הוא אף נפגש פעמיים עם ניקולאי השני. הוא נפטר בפריז ב-24 באוגוסט1919.
^ניתן להבחין שיש עוקץ על כובעו של אסטרהאזי. בעוקץ מסוג זה השתמשו האולאנים בצבא הקיסרות הגרמנית. הדבר מרמז על "מכתבי האולאן" - מכתבים שאותם כתב אסטרהאזי ובהם הוא מביע את רצונו להיות האולאן שישסף בחרבו "מאה אלף צרפתים".