בשנת 1868 הועלה לדרגת סמל, ובשנת 1870 נלחם במהלך מלחמת צרפת–פרוסיה. הוא נפל פעמיים בשבי הפרוסי, ובשתי הפעמים נמלט. לאחר המלחמה הועלה לדרגת לוטננט. ב-1875 מונה לעוזרו של הגנרל ז'וזף דה מיריבל, אשר הפך לפטרונו. ב-1879 הועלה לדרגת קפטן, והוצב במשרד הסטטיסטי ("המשרד השני") - השם הרשמי של משרד המודיעין הצבאי הסודי. מעניין לציין שבאותה תקופה עבד לצדו במשרד גם פרדיננד אסטרהאזי - לימים המרגל האמיתי בפרשת דרייפוס. בין 1885–1893 הוצב בתוניסיה, סין ואלג'יריה וב-1893 חזר לצרפת לשרת במשרד הסטטיסטי ומונה לסגנו של ראש המשרד ז'אן סאנדהר.
במסגרת תפקידו במשרד הסטטיסטי, היה אנרי אחראי לפקח על פעולות הקיסרות הגרמנית. כחלק מתפקידו זה, הוא הפעיל מספר רב של סוכנים כפולים. בין סוכנים אלו נמנתה מרי בסטיאן, עוזרת ומנקה בשגרירות הגרמנית. תחת שם הקוד "אוגוסט" הייתה בסטיאן מעבירה לאנרי קרעי מסמכים מהשגרירות[1]. ב-26 בספטמבר1894 העבירה בסטיאן לאנרי את "הבורדרו" ("האיגרת"), מסמך שנשלח ממרגל בצבא צרפת אל הנספח הצבאי הגרמני מקסימיליאן פון שוורצקופן. זה זמן מה חשד סאנדהר שישנו מרגל בצבא צרפת, אולם עד אז לא הצליח להביא ראיה לכך. בעקבות שחזור הבורדרו, החלה חקירה מצומצמת בניסיון לאתר את המרגל. ההאשמה הופלה על אלפרד דרייפוס - קצין בדרגת קפטן, אשר היה היהודי היחיד במטה הכללי. הראיות לכך היו מעטות מאוד, אולם ראשי הצבא היו מעוניינים לסגור את הפרשה בהקדם האפשרי. לדרייפוס נערך משפט צבאי, ובמהלכו נקרא אנרי למסור עדות. אנרי העיד:
אישיות מכובדת שאינני יכול לנקוב בשמה, הזהירתני בחודש מרץ שקצין אחד ממיניסטריון המלחמה בוגד. אותה אישיות מכובדת הבהירה לי בחודש יוני שהקצין הזה משתייך למשרד השני [מצביע על דרייפוס ומכריז בקול דרמטי] והבוגד הזה הנהו![2]
אנרי נשבע תחת צלב שוודאי לו שדרייפוס אשם. העדות והשבועה היו משפיעים מאוד בקביעת חבר המושבעים את אשמתו של דרייפוס[3], אשר נידון למאסר עולם באי השדים. ב-15 ביולי1895, סאנדהר נאלץ לפרוש מתפקידו עקב מצבו הבריאותי המידרדר, ואנרי היה משוכנע שהתפקיד יעבור אליו. להפתעתו, התפקיד הועבר לקולונל ז'ורז' פיקאר. פיקאר ניסה להגיע ליחסים טובים עם אנרי, אולם אנרי מצדו הגיב בחשדנות ובקנאה[4]. פיקאר דרש מאנרי שמעתה ואילך כל המסמכים של הסוכנת יועברו קודם דרכו. במרץ1896, הגיע לידי פיקאר המסמך שזכה לכינוי "הפטי בלה" ("הכחול הקטן"). מסמך זה הוא למעשה מכתב שמעולם לא נשלח, משוורצקופן אל קצין צרפתי בשם פרדיננד אסטרהאזי. מהפטי בלה משתמע שאסטרהאזי ריגל לטובת הגרמנים, אולם ערכו של המידע שהעביר היה מועט ועל כן רצה שוורצקופן לנתק את היחסים אתו. פיקאר, אסף דגימות מכתב ידו של אסטרהאזי, וגילה שהוא זהה לחלוטין לכתב היד שבו נכתב הבורדרו. הוא גילה גם שאסטרהאזי מסובך בחובות, ולפיכך מניעיו לרגל ברורים. במקביל, הוא פתח את תיק דרייפוס ונדהם לגלות את דלות הראיות שהובילה להרשעה[4].
פיקאר הגיש את מסקנותיו בפני הממונים עליו, על פיהן דרייפוס חף מפשע ואסטרהאזי הוא המרגל האמיתי. לתדהמתו, הורו לו לשכוח את העניין ולהניחו כמות שהוא. ב-2 בנובמבר של אותה שנה, הגיש אנרי בפני הרמטכ"ל בואדפר ושר ההגנה ביו מסמך מזויף המוכיח כביכול את אשמתו של דרייפוס. מסמך זה, אשר נודע בכינוי "זיוף אנרי", הוא מכתב מזויף ששלח כביכול הנספח הצבאי האיטלקי אלסנדרו פניצארדי אל שוורצקופן. השניים פעלו בשיתוף פעולה, ולעיתים קרובות החליפו ביניהם מידע. המכתב זויף בידי אנרי, מסיבות שיידונו להלן. ככל הנראה בואדפר וביו לא ידעו שהמכתב מזויף[5]. זה נוסח המכתב:
ידידי היקר, קראתי שאחד הצירים [בבית הנבחרים הצרפתי] עומד להגיש שאילתה בעניין דרייפוס. אם יבקשו ברומא הסברים נוספים אגיד שמעולם לא היו לי שום קשרים עם היהודי הזה. זה מובן. אם ישאלו אותך, אמור כך, כי אסור שיידע איש אי פעם מה אירע לו. - אלכסנדרין[6]
פיקאר החל להטריד את מנוחת המטכ"ל, והוא נשלח לתפקיד נידח בתוניסיה. אנרי הועלה לדרגת לוטננט קולונל, ומונה במקומו לראש המשרד הסטטיסטי. עם זאת, פיקאר הצליח להעביר הלאה את הידוע לו על דרייפוס, ולעורר את דעת הקהל בנושא. ב-13 בינואר1898 פרסם אמיל זולא את מאמרו המפורסם "אני מאשים...!". לזולא נערך משפט על הוצאת דיבה, אולם השופטים התעקשו לא למזג את משפט זולא עם משפט דרייפוס. הניסיון נכשל, ועד מהרה נקראו הן אנרי והן פיקאר למסור עדות. בעומדם זה מול זה, איבדו השניים את קור רוחם וכינו זה את זה שקרנים. בעקבות כך, התמודדו השניים בדו-קרב אשר ממנו יצא אנרי פצוע קלות. הזיוף של אנרי הפך לכלי החשוב ביותר של המטכ"ל בפרשה. הגנרל דה פלייה, בעלותו על דוכן העדים, דיבר מול כל בית המשפט על המסמך וציטט ממנו בעל פה[7]. זולא נידון לשנת מאסר ולקנס, ופיקאר הודח מהצבא ונכלא.
מותו
ביולי 1898 נבחר שר הגנה חדש - ז'אק מריה אז'ן גודפרואה קווניאק. קווניאק האמין באמת ובתמים באשמתו של דרייפוס, ורצה לסגור את הפרשה אחת ולתמיד. הוא לא היה זהיר ופרסם את כל המסמכים והעדויות, ובכלל זה אף את זיופו של אנרי[8]. הדבר אפשר לתביעה לתקוף את המסמך ישירות ולטעון שהוא מזויף. קווניאק החליט להתייחס לכך ברצינות ולבדוק אותו לעומק. אחד מאנשיו של קווניאק, קפטן קינייה, הבחין שהמסמך לא נכתב על גבי נייר אחיד. ב-30 באוגוסט זימן קווניאק את אנרי ללשכתו ודרש ממנו הסבר. אנרי הודה שזייף את המכתב. הרמטכ"ל בואדפר הורה לעצור את אנרי מיידית, והוא הובל למבצר מון ולריאן בפריז. למחרת בבוקר נמצא אנרי מת בתאו. על פי הסברה המקובלת הוא שיסף את גרונו באמצעות סכין גילוח. הדבר גרם לאסטרהאזי לברוח לבריטניה, לקוואניק ובואדפר להתפטר ובסופו של דבר לקריסת הממשלה של אנרי בריסון. דעת הקהל החלה לפקפק באשמתו של דרייפוס. "לה ליבר פארול" - עיתונו האנטישמי של אדואר דרימון, פרסם מודעת אבל המתארת את אנרי כ"נשמה תמה, לב נלהב למדים, שמסע ההסתה היהודי הוציאו מדעתו"[9].
לפני מותו כתב אנרי שלושה מכתבים (ייתכן שהיו מכתבים נוספים אולם הם הושמדו). במכתב הראשון הוא פונה אל סגן הרמטכ"ל הגנרל גונז בבקשה לדבר עמו בדחיפות. השני מיועד לאשתו, והוא שנוי במחלוקת:
ברתה יקירתי, רואה אני כי חוץ ממך כל העולם מפקיר אותי. אבל את לא נעלם ממך לטובת מי פעלתי. המכתב שלי אינו אלא העתק, ובשום פנים לא זיוף. אין הוא אלא מאשר הודעה שנמסרה לי בעל פה ימים אחדים קודם לכן. אני חף בתכלית. הם יודעים זאת ולימים ידעו זאת הכל. אבל ברגע זה אינני יכול לדבר.
מותו של אנרי
המכתב השלישי מיועד גם כן לאשתו, והוא אינו גמור. הפתיחה שלו אבדה גם כן. הוא עוסק בעיקר במצבו הנפשי ("הריני כמשוגע. ראשי מפולח כאב נורא..."). לימים טענה אשתו שאנרי האמין באמת ובתמים באשמתו של דרייפוס, וחשש משערורייה שתתחולל אם לא ימצאו הוכחות מספקות לכך, לפיכך זייף את המכתב. סברה אחרת טוענת שאנרי פשוט ניסה למצוא חן בעיני הבכירים ממנו. עם זאת, המשפט "לטובת מי פעלתי" שצוטט לעיל, שנוי במחלוקת וניתן להבין ממנו שאנרי שרת מישהו. ניתן לחלק את התאוריות העוסקות בכך לשלוש תאוריות עיקריות: תאוריית "האשמה הקטנה" גורסת שאנרי למעשה עסק בריגול יחד עם אסטרהאזי וניסה להגן עליו. תאוריית "האשמה הגדולה" גורסת שאנרי זייף את המכתב בהוראת הממונים עליו, כחלק ממזימה גדולה של ראשי הצבא להפליל את דרייפוס. תאוריה שלישית גורסת שבצבא צרפת פעל למעשה סינדיקט ריגול שלם שאנרי היה חלק ממנו. על פי תאוריה זו, אנרי לא ניסה להגן על אסטרהאזי, כי אם על מרגל נוסף, חשוב ובכיר ממנו[10].
גם הגרסה הרשמית על פיה אנרי התאבד שנויה במחלוקת. ניתוח הגופה נאסר, מה שמחזק את הסברה שאנרי למעשה נרצח[11].
