ברוח עצות אמו בנעוריו וברוח עקרונות הנצרות הבפטיסטית[1] ג'ון דייויסון רוקפלר התכוון עוד בשנת 1901 להקים קרן פילנתרופית אבל הרעיון קרם עור וגידים רק אחרי שבשנת 1906 יועצו, התאולוג פרדריק טיילור גייטס עודד את היוזמה באומרו שנכסיו של רופקלר הולכים וגדלים בקצב כל כך מהיר, שיורשיו "עלולים בעתיד לפזר את העזבון או להסתחרר מכוחם".
בסופו של דבר ב-1913 ג'ון דיוויסון רופקלר האב (1839–1937) הקים את קרן רוקפלר, יחד עם בנו, ג'ון דייויסון רופקלר הבן (1874–1960), בעלי חברת הנפט סטנדרד אויל, במטרה מוצהרת "לקדם את רווחת המין האנושי בכל העולם".
רעיון מסוג זה העלה בסוף המאה ה-18בנג'מין פרנקלין ובשנת 1906 קמה מיוזמת אלמנתו של איש העסקים ראסל סייג' (אנ'), מרגרט (אנ'), קרן הקרויה "קרן ראסל סייג' (אנ') (RSF)" שהייתה מוגבלת לסיוע לנשים עובדות ולתחלואי החברה.
ב-1909 רוקפלר מסר 73,000 מניות של סטנדרד אויל אוף ניו ג'רזי (אנ'), בשווי של 50 מיליון דולר לנאמנים, רופקלר הבן, גייטס והרולד פאולר מקקורמיק (אנ'), החתן של רופקלר האב, לשם הקמת קרן פילנתרופית של 100 מיליון דולר.[2]
ב-14 במאי1913מושל ניו יורק, וויליאם סולצר (אנ') הוציא את מסמך ההתאגדות (אנ') של הקרן.
חבריה המייסדים של הקרן היו: ג'ון ד. רופקלר האב, ג'ון ד. רופקלר הבן, פרדריק טיילור גייטס, הרי פרט ג'דסון, סיימון פלקסנר, סטאר ג'יי מרפי, ג'רום ד. גרין, ויקליף רוז וצ'ארלס או. היידט.
מועצת המנהלים הראשונה כללו את יושב הראש ג'ון ד. רוקפלר הבן, נשיא הקרן ג'ורג' אי. וינסנט, המזכיר אדווין ר. אמברי, גזבר: ל. ג'. מאיירס, רואה חשבון: רוברט ה. קרק, עוזר גזבר: חנדון מיירון דשיאל.
חברים: וואלאס בטריק, סיימון פלקסנר, הרי אמרסון פוסדיק, פרדריק טיילור גייטס, א. ברטון הפברן, צ'ארלס אוונס יוז, הרי פרט ג'דסון, סטאר ג'יי מרפי, ג'ון ד. רופקלר האב, ג'ון ד. רופקלר הבן, ויקליף רוז, ג'וליוס רוזנוולד, מרטין א. ריירסון, פרדריק שטראוס, ג'ורג' א. וינסנט.
בשנים 1913–1929 תרמה הקרן 241 מיליון דולר בכל היבשות[1]
הקרן פועלת ב-52 ארצות בשש יבשות. היא מממנת תוכניות מחקר רבות בתחומים כמו בריאות הציבור, חדשנות מדעית, חקלאות, תרבות ואמנות, חינוך, מדעי הטבע, שלום וסכסוכים, מדעי החברה, מדעי המדינה.
יושב ראש הקרן כיום[דרושה הבהרה] הוא ד"ררג'יב שאה (אנ'), ממוצא הודי-אמריקאי. הוא יושב הראש ה-13 של הקרן. בגיל 43 הוא האדם הצעיר ביותר שכיהן בתפקיד זה. הוא החליף את ג'ודית רובין (אנ') שכיהנה בשנים 2005–2017 והייתה האישה הראשונה שמילאה את התפקיד.
בימינו מממנת את אוניברסיטת רוקפלר, בעבר המכון רוקפלר למחקר רפואי (RIMR), העוסקת בחקר סיבותיהן, מניעתן וטיפולן של המחלות.
המחלקה הבינלאומית לבריאות שפעלה בשנים 1913–1954 עסקה בחיסולן של מחלות מסוימות, בעלות השלכות חברתיות בחלקי עולם שונים, כמו האנקילוסטומיאזיס, השחפת, טיפוס הבהרות והקדחת הצהובה.
אחרי הצלחות הוועדה למיגור האנקילוסטומיאזיס בארצות הברית, אושרו קרנות ראשונות לעבודה בתחום הבריאות הציבורית מחוץ לארצות הברית על ידי הקמת ועדה בין-לאומית לבריאות (אנ').
ראווי ונקטסאן - בעבר יושב ראש בנק ברודה (אנ') (BOB), יושב ראש של מיקרוסופטהודו (2004–2014) ושל חברת קאמינס (אנ') הודו, נציג מיוחד לענייני נוער וחדשנות ביוניסף - מ-2014