נליגן נולדה בעיר לונדון שבקנדה לג'וזפין אליס ופטריק ג'וזף נליגן, הבת הרביעית מתוך שישה אחים ואחיות. היא למדה ב"תיכון מערב לונדון" ולאחר מכן ב"מכללת גלנדון" שבטורונטו, אולם לא סיימה את לימודיה בהצלחה. לאחר מכן למדה בבית הספר המרכזי לדרמה שבלונדון, אנגליה. היא סבלה מבעיות פסיכולוגיות ומבעיות אלכוהוליזם אשר גרמו לה לבסוף להתאשפז במוסד גמילה.
ב-1994 הופיעה נליגן במותחן האימה של מייק ניקולס "זאב", שם הופיעה בתור שארלוט רנדל, אשתו של ויל רנדל (ג'ק ניקולסון), אדם אשר ננשך על ידי זאב ובלילות הופך לאיש-זאב אימתני.
ב-1995 זכתה בפרס הג'יני עבור תפקידה בדרמה הקנדית "המוזיאון של מרגרט".
ב-1996 שיחקה בדרמה המועמדת לפרס האוסקר "צמודים אישית".
ב-1999 השתתפה בדרמה של לאסה הלסטרם "תקנות בית השיכר", המבוססת על סיפור של ג'ון אירווינג הנושא את אותו השם.
ב-2007 שיחקה במותחן הפסיכולוגי "תחושה מוקדמת", וגילמה את אמה של גיבורת העלילה לינדה הנסון (סנדרה בולוק).