ב-1753, העביר אביו של פינקני את המשפחה ללונדון, שם שירת כלוביסט בשם קרוליינה הדרומית. צ'ארלס ותומאס למדו בבית הספר שבמנזר וסטמינסטר, ונשארו בו גם אחרי ששאר המשפחה חזרה לקרוליינה ב-1858. האחים גם למדו באוניברסיטת אוקספורד. ב-1764, השיג פינקני את תעודת הבגרות[דרושה הבהרה] שלו בכרייסט צ'רץ', והלך ללמוד משפטים במידל טמפל ב-1766. ב-1769 הוסמך פינקני כעורך דין, אולם המשיך ללמוד בצרפת עוד שנה לימודי בוטניקה וכימיה בנוסף, למד באקדמיה הצבאית בקן.
ב-1773, התחתן פינקני עם שרה מידלטון, שאביה, הנרי מידלטון, כיהן כנשיא השני של הקונגרס הקונטיננטלי ואחיה, ארתור מידלטון, היה בין חותמי הכרזת העצמאות של ארצות הברית. לאחר ששרה מתה ב-1784, הוא נישא בשנית ב-1786, למרי סטד, שהייתה נצר למשפחת בעלי מטעים עשירה מג'ורג'יה. לפינקני היו שלוש בנות.
קריירה פוליטית מוקדמת
לאחר שחזר לקרוליינה הדרומית מאירופה, החל פינקני במתן ייעוץ משפטי בצ'ארלסטון. הוא נבחר למועצה הקולוניאלית ב-1770. ב-1773 כבר שירת כתובע הכללי המחוזי. כשהמלחמה בין שלוש עשרה המושבות ובריטניה פרצה ב-1775, תמך פינקני באמריקנים. באותה השנה הפך לחבר בקונגרס המחוזי של קרוליינה הדרומית, שעזר לקרוליינה להפוך ממושבה בריטית למדינה עצמאית. במהלך מלחמת העצמאות של ארצות הברית, שירת בבית התחתון במועצה המחוקקת של המדינה והיה חבר בסנאט, בנוסף לשירותו הצבאי.
מלחמת העצמאות
ב-1775, לאחר שמלחמת העצמאות של ארצות הברית פרצה, התנדב פינקני לשירות צבאי כקצין בצבא הקונטיננטלי של ג'ורג' וושינגטון. כמנהיג בכיר בדרגת סרן, הוביל פינקני את חיל הגרנדיר של קרוליינה הדרומית. הוא הגן על צ'ארלסטון במהלך קרב האי סאליבן ביוני 1776, כשכוחות בריטיים בפיקודו של הגנרל סר הנרי קלינטון ביימו התקפה ימית על בירת המדינה. מאוחר יותר, פיקד פינקני על הגדוד שלו כקולונל, ושמר על מעמדו לשארית המלחמה.
לאחר מכן, העביר הצבא הבריטי את ההתקפות אל מדינות הצפון ואזור המיד-אטלנטיק. פינקני הוביל את הגדוד שלו צפונה, כדי להצטרף אל החיילים של גנרל וושינגטון בקרבת פילדלפיה, פנסילבניה. פינקני והגדוד שלו השתתפו בקרבות. באותו הזמן נפגש לראשונה עם חברו לעתיד למפלגה הפדרליסטית, אלכסנדר המילטון.
ב-1778, חזרו פינקני והגדוד שלו לדרום, והשתתפו בניסיון אמריקני כושל לכבוש את מזרח פלורידה מידי הבריטים. הקושי הלוגיסטי הוביל לניצחון בריטי מוחץ. מאוחר יותר באותה השנה, החליט הצבא הבריטי לפנות דרומה, וכבש את סוואנה, ג'ורג'יה בדצמבר. באוקטובר 1779, ניסה הצבא הדרומי של מייג'ור גנרל בנג'מין לינקולן, יחד עם גדודו של פינקני, לכבוש את סוואנה, ג'ורג'יה, והטיל עליה מצור. ההתקפה הייתה אסון עבור האמריקנים, שסבלו מאבדות רבות.
לאחר מכן השתתף פינקני בהגנה על צ'ארלסטון מפני המצור הבריטי. לינקולן נכנע לבריטים ב-12 במאי 1780, ופינקני הפך לשבוי מלחמה. כשבוי, שיחק תפקיד מרכזי בשמירת נאמנות החיילים לפטריוטים. הוא טען שאם היה מגלה שיש לו עורק שבו לא זרמה אהבה למדינתו, היה חותך אותו בעצמו. הוא נשמר בבידוד עד ששוחרר ב-1782. בנובמבר 1783, מונה לבריגדיר גנרל בצבא הקונטיננטלי, מעט לפני שהגדודים הדרומיים פורקו. הוא קודם למייג'ור גנרל כששירת במיליציה של קרוליינה הדרומית.
ועידת החוקה
פינקני, שחזר לבית התחתון של המועצה המחוקקת, ייצג את קרוליינה הדרומית בועידת החוקה ב-1787. בתפקידו דרש התרת רדיפת עבדים בכל מקום.
פינקני דרש ממשלה לאומית חזקה (עם איזונים ובלמים) כדי להחליף את הממשל הרופף של תקופתו. הוא התנגד לעריכת בחירות לבית הנבחרים של ארצות הברית והתנגד לתשלום לסנאטורים, שטען שאמורים להיות אנשים עשירים. פינקני דרש שכל הסכם יאושר בסנאט, והגיע לפשרה שביטלה את סחר העבדים האטלנטי. הוא התנגד להגבלת גודל הצבא הפדרלי.
פינקני שיחק תפקיד מרכזי באשרור חוקת ארצות הברית בידי ועידת קרוליינה הדרומית ב-1788.
ב-1789, הציע הנשיא ג'ורג' וושינגטון לפינקני לשרת כמזכיר המדינה של ארצות הברית או כמזכיר המלחמה, אולם פינקני סירב. כשוושינגטון הציע לפינקני להיות השגריר האמריקני בצרפת ב-1796, הסכים פינקני. היחסים עם הרפובליקה הצרפתית הראשונה היו בשפל. הסכם ג'יי בין ארצות הברית ובריטניה הכעיס את הדירקטורט הצרפתי, שאיפשר לפריבטירים צרפתיים לפשוט על ספינות סחר אמריקניות שסחרו עם בריטניה, שאיתה צרפת נלחמה. כשהציג פינקני את כתב המינוי שלו בנובמבר 1796, סירבו הצרפתים לקבלו בטענה שלא יקבלו שגריר עד שהמשבר ייפתר.
לאחר ששמע על כך הנשיא החדש, ג'ון אדמס, ב-1797, התכנסה ועידה שהכילה את פינקני, ג'ון מרשל ואלברידג' גרי כדי לשאת ולתת עם הצרפתים. גרי ומרשל הצטרפו לפינקני בהאג ונסעו לפריז באוקטובר 1797. לאחר פגישה ראשונית עם הצרפתים ועם שר החוץ הצרפתי החדש, טליראן, הוועידה קיבלה את הדרישות הצרפתיות. אלו כללו הלוואה גדולה לצרפת, שאליה הונחו הנציגים לסרב, ומתן שוחד לטליראן. המסמכים בנוגע לעניין פורסמו ב-1798, וכונו "פרשת XYZ".
טליראן, שהיה מודע להבדלים הפוליטיים במשלחת (פינקני ומרשל היו חברי המפלגה הפדרליסטית, שתמכה בבריטניה, וגרי נקט במדיניות פדרליסטית מתונה ותמך במפלגתו של תומאס ג'פרסון, שתמכה בצרפת והתנגדה לבריטניה), ניצל את הפילוג. פינקני ומרשל עזבו את צרפת באפריל 1798. גרי נשאר מאחור, וניסה למתן את הדרישות הצרפתיות. כישלון המשא ומתן הוביל למה שכונה המלחמה הבלתי רשמית בין ארצות הברית לצרפת (1798-1800), כששני הציים של המדינות נלחמו אחד בשני. ביולי 1798, מונה פינקני למייג'ור גנרל בצבא ארצות הברית, ושירת בו עד סוף המשבר בין שתי המדינות.
עבדות
לפי הספרייה הלאומית בקרוליינה הדרומית, פינקני היה בעל עבדים כל חייו והאמין שהעבדות הייתה חיונית לכלכלת קרוליינה הדרומית. בוועידת החוקה, הסכים לבטל את סחר העבדים ב-1808, אולם התנגד לשחרור העבדים. ב-1801, היו בבעלותו 250 עבדים. כשבתו התחתנה, נתן לה פינקני חמישים עבדים. במותו, הוריש פינקני את שאר עבדיו לבנותיו ולאחייניו.
ב-1804, בחרו הפדרליסטים בפינקני לרוץ לנשיאות מול ג'פרסון. ג'פרסון, שהיה אהוד עקב רכישת לואיזיאנה וחיזוק הסחר, ניצח את פינקני בקלות. פינקני זכה ב-27% בלבד מהקולות וניצח רק בשתי מדינות, דלאוור וקונטיקט.
ב-1808, שוב נבחר פינקני להיות המועמד הפדרליסטי לנשיאות, כשהוא התמודד מול מזכיר המדינה של ג'פרסון, ג'יימס מדיסון. גם מול מדיסון פינקני לא הצליח, וזכה רק בחמש מדינות וב-32% מהקולות.
מותו
פינקני מת ב-16 באוגוסט 1825, ונקבר באתר הקבורה ליד הכנסייה בצ'ארלסטון. על מצבתו כתוב שהיה אחד ממקימי הרפובליקה האמריקנית, שותף למלחמה וחבר של וושינגטון.