נולד בי"ז בכסלוה'תרמ"ב לאביו ר' אריה לייב, שהיה גר בפולטבה שברוסיה (כיום באוקראינה). אביו נודע כצדיק, נדיב וירא שמים, נצר למשפחה של למדנים ורבנים. אחות אביו הענא רבקה הייתה אשתו השלישית של רבי יצחק ירוחם דיסקין. בבית המשפחה נהגו להתארח רבנים ושד"רים רבים, חלקם מארץ ישראל.
בחודש אדר ב'ה'תרע"ד נתמנה כרבה של העיירה דשקובקה (דשקאוקה (בלא')), ליד מוהילב שברוסיה. לאחר מכן שימש ברבנות בקהילות קניאז'יץ (קניאז'יצי (בלא')), קרוצ'ה (אנ') וסעננא (סיינו). בני הקהילות שבהן שימש ברבנות חיבבו אותו מאוד, עקב היותו דרשן כשרוני שידע להקסים ולרתק את הקהל.
לאחר תלאות ורדיפות דת רבות ברוסיה, עלה ארצה בסיוע הרבנות הראשית בכ"ג בתמוזתרצ"ג עם אשתו וארבעה מילדיו,[1] והתגורר בפתח תקווה.[2] הוא לא קבל על עצמו משרת רבנות בארץ ישראל. לדברי בנו, הרב משה צבי נריה, היו לכך סיבות אחדות: התלאות שעבר ברוסיה גרמו לו חולשה והביאו לו מחלות. עם זאת, גם כאשר כיהן כרב ברוסיה הוא חיפש קהילות קטנות על מנת שיוכל לעסוק בלימוד ובכתיבת ספרים. כתב היד של ספרו הראשון עוד חובר ברוסיה. כן הוא גם סבר שיש לתת לאנשים צעירים את היכולת להתקדם והוא חשש שיתפוס את מקומם.[3]
בנו הרב משה צבי נריה עלה ארצה לפניו והוציא לאור את הספר "כרם פתחיה", מתוך כתב היד של אביו, שהוברח מרוסיה. כאשר עלה הרב מנקין ארצה, הוא השלים שני חלקים נוספים של הספר. "כרם פתחיה" זכה לקבל הסכמה מהרב אברהם יצחק הכהן קוק, רבה של ארץ ישראל. הרב קוק הגדיר את הספר: "ויחשב בין הספרים המצוינים רבי ערך שהתחברו בדורינו".
הספר כרם פתחיה נסב על ביאור אגדות המובאות בתלמוד. בספרו הוא חילק את האגדות - "גפניו" - ל"שריגים", באומרו: "אסור לייגע את הקורא, כל חלוקה וכל הפסקה מקילה עליו".
לאחר מותו, ערך בנו הרב משה צבי נריה את כתבי היד שהותיר והוציא לאור את הספר אורחות פתחיה ואת הספר חדושי אורח חיים ונחלת אבות - פירוש על פרקי אבות. בספר ארחות פתחיה תשובות הלכתיות שכתב המחבר, ביניהן פסיקות חדשניות ומקוריות, כגון זיהוי האקליפטוס כאחד ממיני הערבה, והכשרתו לנטילה בארבעת המינים בחג הסוכות.
