נולד[1] לאברהם ומרים, ובעודו תינוק עברה משפחתו לרוויגו, עיר מולדת אמו. בגיל שש התייתם מאביו, ודודו אחי אמו הרב ידידיה רבינו פרנס את המשפחה וגידל את הילדים. כשהיה בן 19 נפטר דודו, ומאז, כדי להתפרנס, החל לנדוד על מנת לשמש כמלמד.
בנדודיו עבר בגוריציה ובפירנצה ושם נשא את אשתו מרים. הסיבה שהוכרח לעזוב את גוריציה היא כי הקהילה הספרדית לא יכלה לסבול את דעתו שאשכנזים לא צריכים להניח תפילין בימי חול המועד גם אם הם לא נמצאים בקהילה ספרדית.[דרושה הבהרה] משם עבר לוונציה, גם שם התפרנס כמלמד עד שחלה ותלמידיו התפזרו. אחר כך נקרא לטריאסט לשמש שם כמלמד. בתור מורה, כדי להמחיש לתלמידים את סיפור המקרא על מלאכת המשכן וכליו הוא יצר דגם מקרטון של המשכן וכליו. בעקבות זאת הוא כתב את ספרו "מעשה חשב" לבאר את מלאכת המשכן בסגנון של משניות עם פירוש.
בספריו הוא מצביע על ר' נתן פינקארלי בן ר' יואל (שהיה מורה הוראה באלכסנדריאה דיל"ה פאלי"ה) כ"מורו ורבו"[2].
כשהיה בן שלושים עלה לארץ ישראל והתיישב בצפת, בה למד את חכמת הקבלה ועסק בכתבי האר"י. בצפת ערך מחדש את חיבורו הקצר שהיה באמתחתו בשם "דקדוקי עניות" וקרא לו "הון עשיר". לאחר כשנתיים עזב את צפת עקב מגפה שפרצה בגליל העליון ויצא לחוץ לארץ. על הספינה בה נסע התנפלו שודדים ושבו אותו עם משפחתו. לאחר ארבעים יום נפדה ובא לאיטליה, לעיר ליוורנו. בתקופה זו חיבר את חיבורו העיקרי "משנת חסידים". משם נתבקש לכהן כרב בפירנצה. לאחר ארבע שנים חזר לליוורנו כדי לעסוק בהדפסת ספריו. לאחר מכן יצא למכור את ספריו בערים המרכזיות באותה תקופה: איזמיר, סלוניקי, קושטא, אמסטרדם ולונדון.
באחרית ימיו החליט לחזור לארץ ישראל, בדרך התעכב כשנתיים בארם צובא, שם סחר בסחורות ששלחו לו מליוורנו. לאחר שצבר די בשביל פרנסתו, עלה לארץ ישראל והשתכן בירושלים.
קשרי ידידות והערכה הדדיים היו לו עם בן דודו ר' יוסף אירגאס שנתן הסכמה לספרו "הון עשיר", והוא נתן הסכמה לספרו של הרב אירגאס "שומר אמונים".
סוף ימיו
הרב עמנואל רצה לייסד ישיבה בירושלים, ולצורך זה יצא לחוץ לארץ כדי לגייס תרומות וגם כדי להדפיס את שאר ספריו שלא נדפסו. לאחר כשנתיים של נדודים חזר לארץ ישראל ובדרך פגעו בו שודדים ורצחוהו נפש בראש חודש אדרה'תק"ג. שבוע אחר כך הובא לקבורה בצ'נטו שבבולוניה. בחצרו בירושלים הוקמה ישיבת כנסת ישראל בראשותו של רבי חיים אבן עטר הידוע בכינויו ה"אור החיים הקדוש". ישיבה זו התקיימה לפחות עד לשנת 1886 ולמדו בה מחשובי הרבנים בירושלים באותם הימים.
בשנת 2011 הוקמה מצבה על קברו על סמך מפות הקבורה העירוניות, וביום הפטירה עלה מניין על קברו.
חיבוריו
אדרת אליהו - על הש"ס, וכמה עניינים. בסופו שירים וחידות.
חזה ציון - פירוש על תהלים, דפוס ראשון - ליוורנו תק"ב.
יושר לבב - קבלה. בספר זה הופיע, בין השאר, ניסוח ברור של תפיסת 'צמצום כפשוטו' בתורת הצמצום הלוריאנית.
מעשה חושב - על מלאכת המשכן.
מקוה טהרה - חישוב נפח המים למקוה טהרה והדינים הקשורים בו.
משנת חסידים - סידור וביאור כל ענייני הקבלה שבכתבי האר"י. הספר נקרא כך משום שהוא מחקה את סגנונה ואת אופן חלוקתה של המשנה למסכתות. המחבר הדפיס שתי מהדורות בחייו אחת בליוורנו, ושנייה, עם הוספות, באחרית ימיו בירושלים.
תולדות חייו - רבי עמנואל חי ריקי מספר על חייו, ובנו מתאר את פטירתו איך נהרג על קידוש השם.
מפרשים על חיבוריו
דרך המלך - פירוש על מסכת עולם קטן, והוא כמו הקדמה של מחבר ספר משנת חסידים.
מגיד משנה - פירוש על ארבעה סדרי משנה שבמשנת חסידים הנקראים מפתח העולמות והם סדר זרעים, קדשים, טהרות ונזיקין (כך סדרם בעל משנת חסידים במפתח העולמות).
טעם עצו - ביאור על מפתח העולמות שבמשנת חסידים מאת הרב פנחס אליהו הורביץ מחבר ספר הברית.
מגיד שני - ביאור על מסכת נשים שהוא עולם הנשמות של המשנת חסידים מאת הרב יעקב אריה ליב פרענקיל.
בית שער - ביאורים ומקורות מהרב מיכאל בורנשטיין
פרי הג"ן - הארות ומקורות על חמשת סדרי משנת חסידים (מפתח העולמות שכוללים סדר זרעים, קדשים, טהרות ונזיקין. וכן מפתח הנשמות שנקרא סדר נשים) על ידי הרב ניר גולן
לקריאה נוספת
צבי לובושיץ, נוסח קדום של 'יושר לבב' לר' עמנואל חי ריקי – מבוא ומהדורה לפולמוס הצמצום, קבלה, 42 (תשע"ח), עמ' 269 - 320.
צבי לובושיץ, נדודים ודעת עליון : עיונים בתולדותיו ובכתביו של ר' עמנואל חי ריקי / מאת צבי לובושיץ ; בהנחיית: פרופ' יהונתן גארב (עבודת MA).