בעת פרוץ המלחמה היו במקום מפקדות, בהן של אוגדה 143,[13] חטיבה 600.[14] בנוסף, המחנה היה מקום בו שכנו יחידות מחסני חירום של מספר יחידות, בהן של חטיבה 14[15] וגדוד 599 של חטיבת השריון 421, אשר מפקדו, רס"ן עמי מורג, שגילה שהמחסנים נעולים והאפסנאים לא נראו באופק, הורה בשעות הערב של 6 באוקטובר, בגיבויו של אריאל שרון, לירות במנעוליהם, לחמש את 22 הטנקים שהיו במקום, ולהתחיל בתנועה.[16][17] ברגע האחרון הגיעו האפסנאים, והפריצה נמנעה.[18] חוסרים ואי סדר במחסני החירום, כמו גם שני ברזי כיבוי שנפתחו והציפו את השטח עיכבו את יציאת הכוחות.[18] לאחר מלחמת יום כיפור שכנו במקום הימ"חים של אוגדה 560 על חטיבותיה עד תחילת המאה ה-21.
מבצעי עופרת יצוקה וצוק איתן
במבצעים הצבאיים עופרת יצוקה וצוק איתן הכשיר צה"ל מתחמי כליאה במחנה עבור עצורים פלסטינים, מתוקף צו שר הביטחון.[19] במהלך 'עופרת יצוקה' נכלאו בבסיס כ-250 עצורים,[20] וב'צוק איתן' נאסרו בו כ-270 פלסטינים, על פי חוק לוחמים בלתי חוקיים, המאפשר לרמטכ"ל להחליט על מעצר מנהלי זמני בעקבות חשד להפרת חוק זה.[21][7]
בית החולים הוקם על ידי משרד הבריאות, צמוד למתקן הכליאה ולא כחלק ממנו. הוא הוקם על ידי חברה פרטית שנבחרה בהליך של פטור ממכרז של משרד הבריאות. בית החולים לא הוגדר כבית חולים צבאי ולא היה תחת אחריותו של קצין רפואה ראשי. בהתאם להגדרה זו, לא הועסקו בו רופאים שגויסו למילואים, אלא רופאים שהתנדבו לטפל במחבלים.[24]
מתחם בית החולים מורכב מחמישה אוהלים, שבכל אחד מהם 10–12 מיטות. אוהל אחד משמש לחקירת פצועים על ידי חוקרי שב"כ ויחידה 504. אוהל נוסף מוגדר סטרילי והוא מיועד לניתוחים, ושאר האוהלים משמשים לאשפוז. על פי עדויות של רופאים שהועסקו בבית החולים, במקרי פציעה קשים הדורשים פעולה רפואית מורכבת בבית חולים אזרחי, בתי החולים בישראל סירבו לטפל במחבלים. בין הנימוקים לסירוב היה החשש מהתפרעות של "לה פמיליה" וגורמים קיצוניים דומים בתוך בתי החולים.[24]
נוהלי משרד הבריאות[25] והתנהלות הרופאים והחיילים בבית החולים עמדו במוקד ביקורת חריפה מצד ארגוני זכויות אדם וכלי תקשורת, בשל הטענה שהטיפול בעצורים מפר את כללי האתיקה הרפואית ונוגד את הדין הבין-לאומי. בין יתר ההנחיות החריגות שפרסם משרד הבריאות לטיפול בעצורים במתקן, הונחו הרופאים בבסיס לטפל בעצורים "באופן המינימלי הנדרש ותו לא",[26] ולא להזכיר את שמותיהם בתיעוד הטיפול או בפני המטופל. כמו כן, אושר להם להעניק טיפול רפואי בעוד העצורים כפותים ומכוסי עיניים ולטפל בהם בניגוד לרצונם אם מצבם מוגדר כמצב חירום רפואי.[26] עוד פורסם בתקשורת כי חיילים סירבו מספר פעמים להאכיל את העצורים, וכי הם ניזונים מפורמולה נוזלית באמצעות קשית.[25][27][28][29] בעקבות הביקורת ולבקשת הצוות הרפואי במקום, ועדת אתיקה רפואית המורכבת מנציגי משרד הבריאות, לשכת האתיקה של ההסתדרות הרפואית בישראל והנהלות בתי החולים, ביקרה בבסיס בסוף פברואר 2024.[28] בסוף מרץ 2024 שיגר רופא המשרת במתקני המעצר במחנה, מכתב לשרי הביטחון והבריאות וליועצת המשפטית לממשלה, שבו הלין כי תנאי הטיפול אינם עומדים בסטנדרט רפואי בסיסי ומנוגדים גם לחוק כליאת לוחמים בלתי חוקיים. במכתבו תיאר בין היתר כי מספר עצורים עברו כריתת גפיים בעקבות איזוק ממושך אשר הוביל להתערבויות ניתוחיות חוזרות ונשנות, וכי יותר ממחצית מהמטופלים בבית החולים שוהים בו בשל פציעות שנגרמו להם בעת המעצר.[30][31][29]
אחד ההיבטים הבעייתיים של הכליאה במתקן היא אזיקת האסירים. במספר מקרים עצירים נאזקו באזיקי פלסטיק באופן ממושך, ועברו כריתת יד או רגל בעקבות הפציעה. על פי פרופ' יחיאל בר-אילן, מומחה לאתיקה רפואית, אין בצה"ל הדרכה בנושא השימוש באזיקונים, והידוק ממושך של האזיקון על היד או הרגל עלול לגרום לנזקים, שלא אמורים להתרחש.[24]
ב-23 במאי 2024 הגישו חמישה ארגוני זכויות אדם עתירה לבג"ץ בדרישה לסגור את מתקני הכליאה במחנה, בעקבות העדויות על המחסור בתנאי כליאה הולמים כנדרש בחוק לוחמים בלתי חוקיים.[32][33] בתגובתה לעתירה, הודיעה המדינה כי בכוונתה להפוך את שדה תימן למתקן מעצר זמני, לצמצם את מספר השוהים בו לכ-200 עצורים, לשדרג את המתקן ולשפר את תנאי המחיה בו.[34][35] ב-28 במאי 2024 הודיע הרמטכ"ל על הקמת ועדה בראשות האלוף אילן שיף לבחינת תנאי הכליאה של עצורים פלסטינים בשדה תימן ובמתקנים נוספים.[36][37]
לפי עדויות, שני גברים פלסטינים הותקפו מינית כאשר הושבו על מוטות או מקלות ברזל ונפגעו מכך, ונטען כי עצור נוסף מת לאחר שהוכנס מקל חשמלי לפי הטבעת שלו. צה"ל אישר כי חיילים ישראלים הודחו בעקבות שימוש בכוח מופרז, אך דחה טענות להתעללות שיטתית.[38][39] מוחמד ערב, עיתונאי פלסטיני שנעצר בבית החולים שיפא בעזה, סיפר כי שישה אסירים במחנה שדה תימן נאנסו והותקפו מינית במקל מול שאר האסירים רק מפני שהפרו פקודות בתוך הכלא. אסיר אחר מעזה, ששוחרר ממחנה שדה תימן, סיפר כי ראה במו עיניו מקרים שבהם חיילים מאפשרים לכלבים לתקוף מינית אסירים.[40]
לפי נתונים שפרסם צה"ל, הצבא מנהל חקירה פלילית נגד חיילים ב-36 מקרי מוות של עצורים שמתו במחנה שדה תימן, במהלך מלחמת חרבות ברזל.[39][41]
המחנה נפרץ מספר פעמים לאורך השנים: במאי 2017 פרצו שלושה ערבים ישראלים תושבי באר שבע לבסיס, בהם קבלן שיפוצים במחנה, וגנבו ממנו 33 רובי M-16.[50][3] בפברואר 2021, נגנבו מהבסיס יותר מ-20 אלף כדורי רובה בקוטר 5.56.[51] באוקטובר 2022 נפרץ הבסיס ונגנבו ממנו מקלע מאג ו-26 אלף כדורים מסוגים שונים,[52][53][54] במאי 2024 הורשעו עשרה תושבי תל שבע ותראבין במעשה.[55]